RiboXYZ: a comprehensive database for visualizing and analyzing ribosome structures.
RiboXYZ: a comprehensive database for visualizing and analyzing ribosome structures.
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DOI：
10.1093/nar/gkac939
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发表时间：
2023-01-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Dao Duc, Khanh
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kushner, Artem;Petrov, Anton S.;Dao Duc, Khanh
在过去的几年里，Cryo-EM的最新进展导致了核糖体结构的激增，包括来自不同物种、构象状态或与不同配体结合的结构。然而，命名的多重冲突使得结构和直系同源物组分的鉴定和比较具有挑战性。我们目前RiboXYZ（可在https://ribosome.xyz），一个数据库，提供有组织的访问核糖体结构，与几个工具的可视化和研究。该数据库是最新的蛋白质数据库（PDB），但提供了一个标准化的命名，允许搜索和比较所有可用结构的核糖体组分（蛋白质，RNA，配体）。除了结构化和简化的数据访问外，该应用程序还具有几个专门的可视化工具，包括配体结合位点的识别和预测，以及核糖体组分的3D叠加。总的来说，RiboXYZ提供了一个有用的工具包，通过实现当前的约定并提供一套已明确开发用于分析核糖体结构的辅助工具来补充PDB数据库。这个工具包可以很容易地访问专家和非专家在结构生物学，使他们可以搜索，可视化和比较结构，在分子生物学，进化和生物化学的各种潜在应用。
Recent advances in Cryo-EM led to a surge of ribosome structures deposited over the past years, including structures from different species, conformational states, or bound with different ligands. Yet, multiple conflicts of nomenclature make the identification and comparison of structures and ortholog components challenging. We present RiboXYZ (available at https://ribosome.xyz), a database that provides organized access to ribosome structures, with several tools for visualisation and study. The database is up-to-date with the Protein Data Bank (PDB) but provides a standardized nomenclature that allows for searching and comparing ribosomal components (proteins, RNA, ligands) across all the available structures. In addition to structured and simplified access to the data, the application has several specialized visualization tools, including the identification and prediction of ligand binding sites, and 3D superimposition of ribosomal components. Overall, RiboXYZ provides a useful toolkit that complements the PDB database, by implementing the current conventions and providing a set of auxiliary tools that have been developed explicitly for analyzing ribosome structures. This toolkit can be easily accessed by both experts and non-experts in structural biology so that they can search, visualize and compare structures, with various potential applications in molecular biology, evolution, and biochemistry.
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影响因子：
14.9
作者：
Blum M;Chang HY;Chuguransky S;Grego T;Kandasaamy S;Mitchell A;Nuka G;Paysan-Lafosse T;Qureshi M;Raj S;Richardson L;Salazar GA;Williams L;Bork P;Bridge A;Gough J;Haft DH;Letunic I;Marchler-Bauer A;Mi H;Natale DA;Necci M;Orengo CA;Pandurangan AP;Rivoire C;Sigrist CJA;Sillitoe I;Thanki N;Thomas PD;Tosatto SCE;Wu CH;Bateman A;Finn RD
通讯作者：
Finn RD
影响因子：
14.9
作者：
Mistry J;Chuguransky S;Williams L;Qureshi M;Salazar GA;Sonnhammer ELL;Tosatto SCE;Paladin L;Raj S;Richardson LJ;Finn RD;Bateman A
通讯作者：
Bateman A
影响因子：
7.7
作者：
Kudva R;Tian P;Pardo-Avila F;Carroni M;Best RB;Bernstein HD;von Heijne G
通讯作者：
von Heijne G
DOI：
10.3390/molecules25184262
发表时间：
2020-09-17
期刊：
Molecules (Basel, Switzerland)
影响因子：
--
作者：
Poitevin F;Kushner A;Li X;Dao Duc K
通讯作者：
Dao Duc K
影响因子：
14.9
作者：
The Gene Ontology Consortium
通讯作者：
The Gene Ontology Consortium