Big data in cryoEM: automated collection, processing and accessibility of EM data.
Big data in cryoEM: automated collection, processing and accessibility of EM data.
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DOI：
10.1016/j.mib.2017.10.005
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发表时间：
2018-06
影响因子：
5.4
通讯作者：
Carragher B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Baldwin PR;Tan YZ;Eng ET;Rice WJ;Noble AJ;Negro CJ;Cianfrocco MA;Potter CS;Carragher B
低温电子显微镜（冷冻）数据的范围和复杂性有很大的增加，并且由于最近和持续的技术突破，这将导致大量改进的大分子结构解决了这种大数据爆炸。单个粒子数据和断层图系列，通常以〜10-100帧的直接探测器电影或每个倾斜系列的方式获取。 ，重点是数据采集范围，自动化方法以及云存储和计算的使用。
The scope and complexity of cryogenic electron microscopy (cryoEM) data has greatly increased, and will continue to do so, due to recent and ongoing technical breakthroughs that have led to much improved resolutions for macromolecular structures solved using this method. This big data explosion includes single particle data as well as tomographic tilt series, both generally acquired as direct detector movies of ~10–100 frames per image or per tilt-series. We provide a brief survey of the developments leading to the current status, and describe existing cryoEM pipelines, with an emphasis on the scope of data acquisition, methods for automation, and use of cloud storage and computing.
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影响因子：
3
作者：
Alewijnse B;Ashton AW;Chambers MG;Chen S;Cheng A;Ebrahim M;Eng ET;Hagen WJH;Koster AJ;López CS;Lukoyanova N;Ortega J;Renault L;Reyntjens S;Rice WJ;Scapin G;Schrijver R;Siebert A;Stagg SM;Grum-Tokars V;Wright ER;Wu S;Yu Z;Zhou ZH;Carragher B;Potter CS
通讯作者：
Potter CS
DOI：
10.1126/science.aad2001
发表时间：
2016-03-11
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Chang YW;Rettberg LA;Treuner-Lange A;Iwasa J;Søgaard-Andersen L;Jensen GJ
通讯作者：
Jensen GJ
DOI：
10.1016/j.ymeth.2016.02.007
发表时间：
2016-05-01
期刊：
Methods (San Diego, Calif.)
影响因子：
--
作者：
Frank J;Ourmazd A
通讯作者：
Ourmazd A
影响因子：
64.5
作者：
Davis, Joseph H.;Tan, Yong Zi;Carragher, Bridget;Potter, Clinton S.;Lyumkis, Dmitry;Williamson, James R.
通讯作者：
Williamson, James R.
影响因子：
3
作者：
Chen, James Z.;Grigorieff, Nikolaus
通讯作者：
Grigorieff, Nikolaus