Influenza research database: an integrated bioinformatics resource for influenza research and surveillance.
Influenza research database: an integrated bioinformatics resource for influenza research and surveillance.
复制标题
DOI：
10.1111/j.1750-2659.2011.00331.x
复制
发表时间：
2012-11
影响因子：
4.4
通讯作者：
Scheuermann RH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Squires RB;Noronha J;Hunt V;García-Sastre A;Macken C;Baumgarth N;Suarez D;Pickett BE;Zhang Y;Larsen CN;Ramsey A;Zhou L;Zaremba S;Kumar S;Deitrich J;Klem E;Scheuermann RH
请将本文引用为：Squires等人（2012）流感研究数据库：流感研究和监测的综合生物信息学资源。流感和其他呼吸道病毒6(6),404-416。最近出现的2009年甲型H1N1流感大流行病毒凸显了免费和开放获取流感病毒基因组序列数据以及其他重要病毒特征信息的价值。流感研究数据库（IRD, http://www.fludb.org）是一个免费、开放、可公开访问的资源，由美国国家过敏和传染病研究所通过生物信息学资源中心项目资助。IRD为流感序列、监测和研究数据提供全面、综合的数据库和分析资源，包括用于数据检索、可视化和比较基因组学分析的用户友好界面，以及用于保存数据集和分析结果的个人登录保护的“工作台”空间。IRD整合了来自各种来源的基因组、蛋白质组学、免疫表位和监测数据，包括公共数据库、计算算法、外部研究小组和科学文献。结果为了展示IRD中可用的数据和分析工具的效用，提出了两个科学用例。血凝素序列保守性和表位覆盖信息的比较揭示了高度保守的蛋白区域，可以被人类适应性免疫系统识别为诱导交叉保护免疫的可能靶点。对野生鸟类监测样本序列的系统发育和地理空间分析显示，特拉华湾滨鸟流感病毒与阿尔伯塔鸭之间可能存在进化上的联系。IRD提供了关于流感病毒的丰富的综合数据和信息，以支持对决定病毒致病性、宿主范围限制和传播的遗传决定因素的研究，并促进疫苗、诊断和治疗方法的开发。
Please cite this paper as: Squires et al. (2012) Influenza research database: an integrated bioinformatics resource for influenza research and surveillance. Influenza and Other Respiratory Viruses 6(6), 404–416. Background The recent emergence of the 2009 pandemic influenza A/H1N1 virus has highlighted the value of free and open access to influenza virus genome sequence data integrated with information about other important virus characteristics. Design The Influenza Research Database (IRD, http://www.fludb.org) is a free, open, publicly‐accessible resource funded by the U.S. National Institute of Allergy and Infectious Diseases through the Bioinformatics Resource Centers program. IRD provides a comprehensive, integrated database and analysis resource for influenza sequence, surveillance, and research data, including user‐friendly interfaces for data retrieval, visualization and comparative genomics analysis, together with personal log in‐protected ‘workbench’ spaces for saving data sets and analysis results. IRD integrates genomic, proteomic, immune epitope, and surveillance data from a variety of sources, including public databases, computational algorithms, external research groups, and the scientific literature. Results To demonstrate the utility of the data and analysis tools available in IRD, two scientific use cases are presented. A comparison of hemagglutinin sequence conservation and epitope coverage information revealed highly conserved protein regions that can be recognized by the human adaptive immune system as possible targets for inducing cross‐protective immunity. Phylogenetic and geospatial analysis of sequences from wild bird surveillance samples revealed a possible evolutionary connection between influenza virus from Delaware Bay shorebirds and Alberta ducks. Conclusions The IRD provides a wealth of integrated data and information about influenza virus to support research of the genetic determinants dictating virus pathogenicity, host range restriction and transmission, and to facilitate development of vaccines, diagnostics, and therapeutics.
登录
查看更多内容
流感病毒数据库（IVDB）：流感病毒研究的综合信息资源和分析平台。
影响因子：
14.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Finn RD;Mistry J;Tate J;Coggill P;Heger A;Pollington JE;Gavin OL;Gunasekaran P;Ceric G;Forslund K;Holm L;Sonnhammer EL;Eddy SR;Bateman A
通讯作者：
Bateman A
影响因子：
3.2
作者：
Gupta, Shishir K.;Srivastava, Mugdha;Gupta, Shailendra K.
通讯作者：
Gupta, Shailendra K.
DOI：
10.1073/pnas.0609330104
发表时间：
2007-01-02
影响因子：
11.1
作者：
Bui, Huynh-Hoa;Peters, Bjoern;Sette, Alessandro
通讯作者：
Sette, Alessandro
影响因子：
7.6
作者：
Abrahamyan, Arusyak;Nagy, Eva;Golovan, Serguei P.
通讯作者：
Golovan, Serguei P.