Recovery of Deleted Deep Sequencing Data Sheds More Light on the Early Wuhan SARS-CoV-2 Epidemic.
Recovery of Deleted Deep Sequencing Data Sheds More Light on the Early Wuhan SARS-CoV-2 Epidemic.
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删除的深层测序数据的恢复使武汉早期SARS-COV-2流行更多。
DOI：
10.1093/molbev/msab246
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发表时间：
2021-12-09
影响因子：
10.7
通讯作者：
Bloom JD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bloom JD
SARS-CoV-2 的起源和早期传播仍然笼罩在神秘之中。在这里，我确定了一个包含武汉疫情早期的 SARS-CoV-2 序列的数据集，该序列已从 NIH 的序列读取存档中删除。我从 Google Cloud 恢复了已删除的文件，并重建了 13 种早期流行病毒的部分序列。在仔细注释的现有数据的背景下对这些序列进行的系统发育分析进一步支持了这样的观点，即华南海鲜市场的序列并不能完全代表疫情早期武汉的病毒。相反，目前已知的 SARS-CoV-2 序列的祖先可能包含与市场病毒相关的三个突变，这使其与 SARS-CoV-2 的蝙蝠冠状病毒亲戚更加相似。
The origin and early spread of SARS-CoV-2 remains shrouded in mystery. Here, I identify a data set containing SARS-CoV-2 sequences from early in the Wuhan epidemic that has been deleted from the NIH’s Sequence Read Archive. I recover the deleted files from the Google Cloud and reconstruct partial sequences of 13 early epidemic viruses. Phylogenetic analysis of these sequences in the context of carefully annotated existing data further supports the idea that the Huanan Seafood Market sequences are not fully representative of the viruses in Wuhan early in the epidemic. Instead, the progenitor of currently known SARS-CoV-2 sequences likely contained three mutations relative to the market viruses that made it more similar to SARS-CoV-2’s bat coronavirus relatives.
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影响因子：
64.5
作者：
Fauver, Joseph R.;Petrone, Mary E.;Grubaugh, Nathan D.
通讯作者：
Grubaugh, Nathan D.
影响因子：
10.7
作者：
Morel B;Barbera P;Czech L;Bettisworth B;Hübner L;Lutteropp S;Serdari D;Kostaki EG;Mamais I;Kozlov AM;Pavlidis P;Paraskevis D;Stamatakis A
通讯作者：
Stamatakis A
DOI：
10.1126/science.abf8003
发表时间：
2021-04-23
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Pekar J;Worobey M;Moshiri N;Scheffler K;Wertheim JO
通讯作者：
Wertheim JO
影响因子：
168.9
作者：
Chan, Jasper Fuk-Woo;Yuan, Shuofeng;Yuen, Kwok-Yung
通讯作者：
Yuen, Kwok-Yung
影响因子：
56.9
作者：
Deng, Xianding;Gu, Wei;Chiu, Charles Y.
通讯作者：
Chiu, Charles Y.