A vertebrate case study of the quality of assemblies derived from next-generation sequences.
A vertebrate case study of the quality of assemblies derived from next-generation sequences.
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DOI：
10.1186/gb-2011-12-3-r31
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Warren WC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ye L;Hillier LW;Minx P;Thane N;Locke DP;Martin JC;Chen L;Mitreva M;Miller JR;Haub KV;Dooling DJ;Mardis ER;Wilson RK;Weinstock GM;Warren WC
下一代测序（NGS）的无与伦比的效率促进了广泛采用，但在使用NGS数据进行全基因组组装方面仍然存在重大问题。我们探讨了使用各种测序和组装方法产生的鸡基因组组装的优点和缺点。NGS组件在某些方面与基于Sanger的组件相当，但在其他方面有所不足。尽管如此，这些组件足以识别大多数基因，并可以揭示新的序列相比，现有的组件参考。
The unparalleled efficiency of next-generation sequencing (NGS) has prompted widespread adoption, but significant problems remain in the use of NGS data for whole genome assembly. We explore the advantages and disadvantages of chicken genome assemblies generated using a variety of sequencing and assembly methodologies. NGS assemblies are equivalent in some ways to a Sanger-based assembly yet deficient in others. Nonetheless, these assemblies are sufficient for the identification of the majority of genes and can reveal novel sequences when compared to existing assembly references.
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