A multi-purpose, regenerable, proteome-scale, human phosphoserine resource for phosphoproteomics.
A multi-purpose, regenerable, proteome-scale, human phosphoserine resource for phosphoproteomics.
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DOI：
10.1038/s41592-022-01638-5
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发表时间：
2022-11
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Gygi, Steven P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gassaway, Brandon M.;Li, Jiaming;Rad, Ramin;Mintseris, Julian;Mohler, Kyle;Levy, Tyler;Aguiar, Mike;Beausoleil, Sean A.;Paulo, Joao A.;Rinehart, Jesse;Huttlin, Edward L.;Gygi, Steven P.
质谱为基础的磷酸化蛋白质组学已经成为理解复杂生物系统中细胞信号传导不可或缺的手段。尽管蛋白磷酸化起着核心作用，但该领域仍然缺乏具有真正磷酸化位置的廉价、可再生和多样化的磷酸肽。在这里，我们提出了迭代合成磷酸化异构体（iSPI），这是一个蛋白质组级文库，包含人类来源的含磷酸丝氨酸的磷酸化肽，价格低廉，可再生，多样化，具有精确已知的磷酸化位置。我们展示了iSPI的可能用途，包括用作磷酸肽标准，评估和优化磷酸化位点定位算法的工具，以及比较数据分析管道性能的基准。我们还介绍了AScorePro，这是AScore算法的更新版本，专门针对更高能量碎片光谱中的磷酸化位点定位进行了优化，以及FLR查看器，这是一个磷酸化位点定位的网络工具，使社区能够使用iSPI资源。iSPI及其相关数据为磷蛋白质组学社区提供了一个有用的、多用途的资源。
Mass-spectrometry-based phosphoproteomics has become indispensable for understanding cellular signaling in complex biological systems. Despite the central role of protein phosphorylation, the field still lacks inexpensive, regenerable, and diverse phosphopeptides with ground-truth phosphorylation positions. Here, we present Iterative Synthetically Phosphorylated Isomers (iSPI), a proteome-scale library of human-derived phosphoserine-containing phosphopeptides that is inexpensive, regenerable, and diverse, with precisely known positions of phosphorylation. We demonstrate possible uses of iSPI, including use as a phosphopeptide standard, a tool to evaluate and optimize phosphorylation-site localization algorithms, and a benchmark to compare performance across data analysis pipelines. We also present AScorePro, an updated version of the AScore algorithm specifically optimized for phosphorylation-site localization in higher energy fragmentation spectra, and the FLR viewer, a web tool for phosphorylation-site localization, to enable community use of the iSPI resource. iSPI and its associated data constitute a useful, multi-purpose resource for the phosphoproteomics community.
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影响因子：
64.5
作者：
Huttlin EL;Jedrychowski MP;Elias JE;Goswami T;Rad R;Beausoleil SA;Villén J;Haas W;Sowa ME;Gygi SP
通讯作者：
Gygi SP
影响因子：
3.4
作者：
Eng, Jimmy K.;Jahan, Tahmina A.;Hoopmann, Michael R.
通讯作者：
Hoopmann, Michael R.
影响因子：
4.4
作者：
Cox, Juergen;Neuhauser, Nadin;Mann, Matthias
通讯作者：
Mann, Matthias
影响因子：
16.6
作者：
Hogrebe A;von Stechow L;Bekker-Jensen DB;Weinert BT;Kelstrup CD;Olsen JV
通讯作者：
Olsen JV
影响因子：
46.9
作者：
Barber KW;Muir P;Szeligowski RV;Rogulina S;Gerstein M;Sampson JR;Isaacs FJ;Rinehart J
通讯作者：
Rinehart J