Single-Particle Refinement and Variability Analysis in EMAN2.1.
Single-Particle Refinement and Variability Analysis in EMAN2.1.
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DOI：
10.1016/bs.mie.2016.05.001
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发表时间：
2016
影响因子：
--
通讯作者：
Ludtke, S. J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ludtke, S. J.
在过去的三年中，由于直接电子探测器的发展，低温EM单粒子重建得到了迅速的发展，这为数据提供了图像质量的显著改善。现在有可能在许多情况下产生近原子分辨率的结构，但已发表的结构中有2/3仍处于显著较低的分辨率。造成这种情况的一个重要原因是成分和构象的异质性，这既是分辨率限制因素，也是更好地将结构与功能联系起来的独特机会。这篇手稿讨论了EMAN2.12中高分辨率细化的规范方法，然后考虑了该包中用于解决结构可变性的广泛可用方法，目标是提高分辨率以及关于粒子动力学的额外知识。
CryoEM single particle reconstruction has been growing rapidly over the last three years largely due to the development of direct electron detectors, which have provided data with dramatic improvements in image quality. It is now possible in many cases to produce near-atomic resolution structures, and yet 2/3 of published structures remain at substantially lower resolutions. One important cause for this is compositional and conformational heterogeneity, which is both a resolution limiting factor as well as presenting a unique opportunity to better relate structure to function. This manuscript discusses the canonical methods for high-resolution refinement in EMAN2.12, and then considers the wide range of available methods within this package for resolving structural variability, targeting both improved resolution as well as additional knowledge about particle dynamics.
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