EVOG: a database for evolutionary analysis of overlapping genes.
EVOG: a database for evolutionary analysis of overlapping genes.
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DOI：
10.1093/nar/gkn813
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Cho HG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim DS;Cho CY;Huh JW;Kim HS;Cho HG
重叠基因定义为转录本重叠的一对基因。最近，在各种真核生物中研究了许多重叠基因的情况；然而，它们的起源和转录控制机制尚未明确确定。在这项研究中，我们实现了重叠基因进化可视化工具（EVOG），这是一种基于网络的数据库，具有新颖的可视化界面，以研究重叠基因之间的进化关系。使用这种技术，我们收集并分析了人类、黑猩猩、猩猩、狨猴、恒河猴、牛、狗、小鼠、大鼠、鸡、爪蟾、斑马鱼和果蝇的所有重叠基因。这个集成数据库提供了一个手动管理的数据库，显示重叠基因的进化特征。 EVOG DB成分包括许多重叠基因（人类10‱074，黑猩猩10‱009，猩猩67‱039，狨猴51001，恒河猴219，牛3627，狗209，小鼠10‱700，大鼠7987，鸡中 1439 个，爪蟾中 597 个，爪蟾中 2457 个 斑马鱼和果蝇中的 4115）。 EVOG数据库对于分析比较不同物种时重叠基因的进化过程非常有效且易于使用。因此，EVOG 有可能成为通过比较重叠基因的表达谱来研究人类基因组与疾病相关的进化的主要工具。 EVOG 可在 http://neobio.cs.pusan.ac.kr/evog/ 上获取。
Overlapping genes are defined as a pair of genes whose transcripts are overlapped. Recently, many cases of overlapped genes have been investigated in various eukaryotic organisms; however, their origin and transcriptional control mechanism has not yet been clearly determined. In this study, we implemented evolutionary visualizer for overlapping genes (EVOG), a Web-based DB with a novel visualization interface, to investigate the evolutionary relationship between overlapping genes. Using this technique, we collected and analyzed all overlapping genes in human, chimpanzee, orangutan, marmoset, rhesus, cow, dog, mouse, rat, chicken, Xenopus, zebrafish and Drosophila. This integrated database provides a manually curated database that displays the evolutionary features of overlapping genes. The EVOG DB components included a number of overlapping genes (10‱074 in human, 10 ‱009 in chimpanzee, 67 ‱039 in orangutan, 51 001 in marmoset, 219 in rhesus, 3627 in cow, 209 in dog, 10 ‱700 in mouse, 7987 in rat, 1439 in chicken, 597 in Xenopus, 2457 in zebrafish and 4115 in Drosophila). The EVOG database is very effective and easy to use for the analysis of the evolutionary process of overlapping genes when comparing different species. Therefore, EVOG could potentially be used as the main tool to investigate the evolution of the human genome in relation to disease by comparing the expression profiles of overlapping genes. EVOG is available at http://neobio.cs.pusan.ac.kr/evog/.
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