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Platzsparende Datenstrukturen für Anwendungen in der Bioinformatik: Bäume, Netzwerke und Sequenzen

Platzsparende Datenstrukturen für Anwendungen in der Bioinformatik: Bäume, Netzwerke und Sequenzen
用于生物信息学应用的节省空间的数据结构:树、网络和序列
批准号:
162103459
负责人:
Professor Dr. Johannes Christian Fischer
金额:
$0.0万
依托单位国家:
德国
项目类别:
Research Grants
财政年份:
2010
资助国家:
德国
项目状态:
已结题
起止时间:
2009-12-31 至 2012-12-31

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
分子生物学中的实验、实验、实验、实验、实验、实验、实验、实验、实验和实验。Wegen ihrer Größe können disese Daten von Biologen and bioinformatics kern nur and Computer analyterden。Bestehende软件系统是一种基于数据处理的软件系统。齐泽平。项目清单,生物学与生物信息学häufig .算法与数据结构,Bezug auf Platzeffizienz zuverbessern。他说:“我的天,我的天,我的天。”简洁的数据结构)angekn<e:1>。本文提出了一种新的模型,即模型模型、模型模型、模型模型、模型模型、模型模型、模型模型、模型模型和模型模型。(1)在德国,德国的数据结构是由德国的数据结构决定的,德国的数据结构是由德国的数据结构决定的。Neben theortischen Fortschritten lilight in Schwerpunkt dieses projects auder effizienten Implementierung der neu entworfenen datenstruckturen und Algorithmen(算法工程)and der darauf folgenden Integration in beststeende Bibliotheken。
英文摘要
Die in molekularbiologischen Experimenten gewonnenen Daten werden aufgrund neuer, schnellerer Labor-Technologien immer umfangreicher. Wegen ihrer Größe können diese Daten von Biologen und Bioinformatikern nur am Computer analysiert werden. Bestehende Softwaresysteme sind jedoch nicht oder nur unzureichend auf die stetig wachsenden Datenmengen vorbereitet. Ziel dieses Projektes ist es, von Biologen und Bioinformatikern häufig benutzte Algorithmen und Datenstrukturen in Bezug auf Platzeffizienz zu verbessern. Es wird dazu an das sehr aktuelle Forschungsthema der ultra-kleinen Datenstrukturen (engl. succinct data structures) angeknüpft. Hierbei geht es darum, die Daten so klein abzuspeichern, dass das theoretisch erreichbare Minimum an Platz asymptotisch erreicht wird. Trotzdem soll die Datenstruktur eine reichhaltige Auswahl schneller Operationen auf den Daten zur Verfügung stellen, im Falle von Textindizes zum Beispiel die Suche nach Mustern. Neben theoretischen Fortschritten liegt ein Schwerpunkt dieses Projekts auf der effizienten Implementierung der neu entworfenen Datenstrukturen und Algorithmen (algorithm engineering) und der darauf folgenden Integration in bestehende Bibliotheken.
期刊论文(1)
专著(0)
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会议论文
GLOUDS: Representing tree-like graphs
GLOUDS:表示树状图
DOI: 10.1016/j.jda.2015.10.004
发表时间:
期刊: J. Discrete Algorithms
影响因子: --
作者: [J. Fischer, D. Peters]
通讯作者: D. Peters
Practical and Parallel Text Compression for Highly Repetitive Data
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