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Verbesserung des eukaryotischen Genvorhersageprogramms AUGUSTUS

Verbesserung des eukaryotischen Genvorhersageprogramms AUGUSTUS
真核基因预测程序AUGUSTUS的改进
批准号:
21317247
负责人:
Professor Dr. Mario Stanke
金额:
$0.0万
依托单位国家:
德国
项目类别:
Research Fellowships
财政年份:
2005
资助国家:
德国
项目状态:
已结题
起止时间:
2004-12-31 至 2005-12-31

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
真核生物DNA测序中的蛋白质差异基因与Tiere和Pflanzen的发现一样,可以进一步研究韦尔登。Der Umfang der Vorhersage soll vergrößert und die Zuverlässigkeit der Vorhersage erhöht韦尔登.Es sollen努尔bisher die proteinkodierenden Bereiche eines Gens vorhersagt韦尔登,sondern zusätzlich noch die nicht-kodierenden transkribierten Bereiche(5 -UTR und 3 -UTR).因此,我们必须在不受限制的领域中建立外显子和内含子的模型,从而使韦尔登更加准确。外部程序的前级程序,例如前级程序,必须在一般程序的中间韦尔登有一个前级程序。Diese Erweiterung soll die Nützlichkeit und Zuverlässigkeit der Vorhersagen erhen.Alignments des Zielgenoms mit genomischen Sequenzen von anderen Spezies sollen verwendet韦尔登um die Vorhersagegenauigkeit möglichst stark zu verbessern. Der für die vergleichende Genvorhersage relevante Informationsgehalt eines Multi- Spezies-Alignments muss zunächst untersucht韦尔登.因此,必须从信息中获取更多的信息,以解决韦尔登总体结构中的外部信息对齐问题。这种新思维是在一个综合的概率模型中形成的,因此可以形成一种新的思维方式,这种思维方式既可以是印度内部的,也可以是外部的。
英文摘要
Das Programm AUGUSTUS, das proteinkodierende Gene in DNA-Sequenzen von Eukaryoten - höhere Lebewesen wie Tiere und Pflanzen - findet, soll weiter verbessert werden. Der Umfang der Vorhersage soll vergrößert und die Zuverlässigkeit der Vorhersage erhöht werden.Es sollen nicht nur wie bisher die proteinkodierenden Bereiche eines Gens vorhergesagt werden, sondern zusätzlich noch die nicht-kodierenden transkribierten Bereiche (5 -UTR und 3 -UTR). Hierfür muss das zugrundeliegende Modell um Exons und Introns in den nicht-kodierenden Bereichen erweitert werden. Die Vorhersagen von externen Programmen, die Promotorregionen suchen, sollen dann über eine bereits vorhandene Schnittstelle bei der Genvorhersage mitberücksichtigt werden. Diese Erweiterung soll die Nützlichkeit und Zuverlässigkeit der Vorhersagen erhöhen.Alignments des Zielgenoms mit genomischen Sequenzen von anderen Spezies sollen verwendet werden um die Vorhersagegenauigkeit möglichst stark zu verbessern. Der für die vergleichende Genvorhersage relevante Informationsgehalt eines Multi- Spezies-Alignments muss zunächst untersucht werden. Dann muss möglichst viel vom Informationsgehalt eines solchen Alignments als externe Hinweise auf die Genstruktur formuliert werden. Diese Hinweise werden in das vorhandene probabilistische Modell integriert werden um so zu einer Genvorhersage zu kommen, die gemeinsam sequenz-intrinsische Indizien und extrinsische Hinweise aus Genomvergleichen abwägt.
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会议论文
A comparative approarch to genome annotation in Tribolium
  • 批准号:
    240301934
  • 项目类别:
    Research Units
  • 资助金额:
    $0.0万
  • 财政年份:
    2013
  • 负责人:
    Professor Dr. Mario Stanke
  • 依托单位:
Structural genome annotation and quantification of transcripts based on ultra-high-throughput transcriptome sequencing
  • 批准号:
    179180132
  • 项目类别:
    Research Grants
  • 资助金额:
    $0.0万
  • 财政年份:
    2010
  • 负责人:
    Professor Dr. Mario Stanke
  • 依托单位:
Classification of HIV-1 Using Coalescent Theory
  • 批准号:
    78025979
  • 项目类别:
    Research Grants
  • 资助金额:
    $0.0万
  • 财政年份:
    2008
  • 负责人:
    Professor Dr. Mario Stanke
  • 依托单位:
Automatic Localization of Complete Protein Coding Genes in Eukaryotic Genomes
  • 批准号:
    61416996
  • 项目类别:
    Research Grants
  • 资助金额:
    $0.0万
  • 财政年份:
    2007
  • 负责人:
    Professor Dr. Mario Stanke
  • 依托单位:
国内基金
海外基金
基于碱性DES辅助杜仲胶提取过程中杜仲胶解离机制的研究
  • 批准号:
    2026JJ80731
  • 项目类别:
    省市级项目
  • 资助金额:
    --
  • 批准年份:
    2026
  • 负责人:
    龚卫华
  • 依托单位:
石榴皮DES提取物智能响应微胶囊的构建、保鲜功效与食品安全性评价研究
  • 批准号:
    2026JJ80861
  • 项目类别:
    省市级项目
  • 资助金额:
    --
  • 批准年份:
    2026
  • 负责人:
    李雅丽
  • 依托单位:
DES真空蚀刻装置的升级改造及制造工艺优化
  • 批准号:
  • 项目类别:
    省市级项目
  • 资助金额:
    --
  • 批准年份:
    2026
  • 负责人:
    李微
  • 依托单位:
DES影响下RXFP2 参与小鼠睾丸引带细胞增殖迁移的信号通路研究
  • 批准号:
    2025JJ80600
  • 项目类别:
    省市级项目
  • 资助金额:
    --
  • 批准年份:
    2025
  • 负责人:
    唐水平
  • 依托单位: