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Genome-wide in vivo footprinting by next-generation sequencing

Genome-wide in vivo footprinting by next-generation sequencing
通过新一代测序进行全基因组体内足迹
批准号：
24651226
负责人：
ITO Takashi
金额：
$2.58万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2012
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2012-04-01 至 2013-03-31
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-24651226/
关键词：
ゲノム解析技術クロマチン構造in vivoフットプリンティングジメチル硫酸高感受性部位

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
作用于基因组DNA的蛋白质在功能上调节基因组。因此，如果我们能够全面揭示基因组DNA和活细胞中蛋白质之间的相互作用，我们将大大加深对基因组如何工作的理解。作为实现这一目标的一种新方法，我们试图开发一种名为DMS-Seq的方法，它使用二甲基硫酸盐(DMS)和下一代测序。在对方法进行优化后，我们将其应用于面包师酵母作为模型系统，并成功地检测到了已知调控基因表达的区域的信号。这些结果表明了这种方法的可行性。
英文摘要
Proteins that act on genomic DNA functionally regulate the genome. Accordingly, if we can comprehensively reveal the interactions between genomic DNA and proteins in living cells, we will substantially deepen our understanding of how the genome works. As a novel method toward this goal, we tried to develop a method termed DMS-Seq that uses dimethylsulfate (DMS) and next-generation sequencing. Following the optimization of the method, we applied it to the baker's yeast as a model system and successfully detected signals on regions known to regulate gene expression. These results would suggest the feasibility of this approach.
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会议论文
A novel therapeutic strategy targeting HMGB1 isoforms in sepsis
  • 批准号：
    18H02904
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 资助金额：
    $11.15万
  • 财政年份：
    2018
  • 负责人：
    ITO Takashi
  • 依托单位：
    Kagoshima University
A Comprehensive Analysis of Direct Democracy in the Case of Local Government and Referendums in Osaka through Repeated Cross-sectional Surveys
Chromatin remodeling and Induction of pluripotency via Sox2/TBP complex
  • 批准号：
    17H04044
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 资助金额：
    $11.4万
  • 财政年份：
    2017
  • 负责人：
    ITO Takashi
  • 依托单位：
    Nagasaki University
Helicobacter pylori induces somatic mutations in TP53 via overexpression of CHAC1 in infected gastric epithelial cells
  • 批准号：
    16K19077
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
  • 资助金额：
    $2.5万
  • 财政年份：
    2016
  • 负责人：
    ITO Takashi
  • 依托单位：
    Tokyo Medical and Dental University
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