Effiziente Simulation langsamer dynamischer Prozesse in biologischen Makromolekülen

我们有一种有效的方法来模拟宏观分子中同样的动态过程。这种方法是有约束力的，在动力学的主要组成部分中确定了空间。研究方法主要有：（1）蛋白质-蛋白质对接方法;（2）酶的底物与产物的对接方法;（3）Entwicklung eines Models für den kompakten denaturierten Zustand von Proteinen（“熔融球”），das die scheinbar widersprüchlichen experimentellen Befunde zu interpretieren vermag.

Wir haben eine Methode zur effizienten Simulation langsamer dynamischer Prozesse in Makromolekülen entwickelt. Diese Methode benutzt konformationelle Restraints, die in dem durch die Hauptkomponenten der Dynamik bestimmten Raum definiert sind. Ziel des Forschungsvorhabens ist es, die Methode auf das Studium von biologisch interessanten Prozessen anzuwneden, welche große Konformationsänderungen erfordern: (1) Protein-Protein Docking von Systemen mit ausgeprägter Konformationsänderung des Rückgrats der Peptidkette beim Übergang von der freien zur gebundenen Form; (2) Substratzutritt und Produktfreisetzung bei Enzymen, deren Oberfläche und aktives Zentrum topologisch nicht zusammenhängend sind; und (3) Entwicklung eines Modells für den kompakten denaturierten Zustand von Proteinen ("molten globule"), das die scheinbar widersprüchlichen experimentellen Befunde zu interpretieren vermag.