染色体分子構成解析技術の開発

本研究は, 染色体ライブラリーを元の順序に並べかえ, 互いに重なり合って染色体全体をおおうクローンのセットを作成し, 遺伝地図と対応づける, 一連の技術の開発を行うものである. 大腸菌染色体を材料とし, その遺伝地図と物理地図の完全な総合化学を目指した.すでに, (i)多数のラムダファージクローンについて, 8種類の6塩基設識制限酵素の切断点地図を極めて高能率に作成し, 切断点のパターンをコンピューターで比較することにより, 重なり合うクローンを次々に見つけ出し, contig(重なり合ったクローンのグループ)に分類する, (ii)多数のファージクローンのプラークを高密度に作り, そのレプリカを多数とってcontigを橋渡しするクローンを効率よく提索する方法を開発した. 大腸菌染色体に応用し, 総計3400クローンを調べた結果, 175-1500kbの7個のcontigに分類した.しかし, 最終段階では, クローン化されにくい領域があることなどのためにcontig間の配列決定が非常に困難となっている. そこで, 各contigの前方の制限酵素地図を染色対DNAについて直接作成する方法を開発し, それらを較べることによ り, contig間の配列を最終決定し, 約4700kbの制限酵素地図を完成させた. 約70の遺伝子マーカーと対応づけることにより, 遺伝地図との対応づけをした.更に, 8塩基認識制限酵素切断点を含む. いわゆるlinkingクローンの新しい提索法を開発し, NatI, SfiIそれぞれ27, 32ヶ所の切断点をクローンのセット中に同定した. パルスフィールドゲル電気泳動などと組み合わせた, 新しいcontig配列決定法を考案している.

本研究は, 染色体ライブラリーを元の順序に並べかえ, 互いに重なり合って染色体全体をおおうクローンのセットを作成し, 遺伝地図と対応づける, 一連の技術の開発を行うものである. 大腸菌染色体を材料とし, その遺伝地図と物理地図の完全な総合化学を目指した.すでに, (i)多数のラムダファージクローンについて, 8種類の6塩基設識制限酵素の切断点地図を極めて高能率に作成し, 切断点のパターンをコンピューターで比較することにより, 重なり合うクローンを次々に見つけ出し, contig(重なり合ったクローンのグループ)に分類する, (ii)多数のファージクローンのプラークを高密度に作り, そのレプリカを多数とってcontigを橋渡しするクローンを効率よく提索する方法を開発した. 大腸菌染色体に応用し, 総計3400クローンを調べた結果, 175-1500kbの7個のcontigに分類した.しかし, 最終段階では, クローン化されにくい領域があることなどのためにcontig間の配列決定が非常に困難となっている. そこで, 各contigの前方の制限酵素地図を染色対DNAについて直接作成する方法を開発し, それらを較べることによ り, contig間の配列を最終決定し, 約4700kbの制限酵素地図を完成させた. 約70の遺伝子マーカーと対応づけることにより, 遺伝地図との対応づけをした.更に, 8塩基認識制限酵素切断点を含む. いわゆるlinkingクローンの新しい提索法を開発し, NatI, SfiIそれぞれ27, 32ヶ所の切断点をクローンのセット中に同定した. パルスフィールドゲル電気泳動などと組み合わせた, 新しいcontig配列決定法を考案している.