Type III restriction endonuclease EclP15I: Protein engineering to optimize its use in transcriptome analysis ("SuperSAGE")

脱氧核糖核酸脱氧核糖核酸酶，脱氧核糖核酸脱氢酶。EcoP15I is eine Types III-Restriktionsendonukest，die für den endonleoltischen en angriff auf die DNA das Vorhandensein von zwei unmetylierten Kopien der nht-parindromischen en erkennungsequenz 5-CAGCAG VOOUSSEZZT，die im DNA-Moleküchine in dna in müssen.这是一种新型的DNA-酶和我们的一种新的技术。Zwei weitere Besonderheiten des Enzyms des das Vorhandensein Repepltiver Tripltiver Tripltiver Triplets in der ErkennungsSequenz and der vom DNA-Erkennungort entfernt geleene Schnittort im DNA-MoleküL-haben zu ansätzen fützen füten fu ansätzzungen führt：der Detektion and Quantifizierung von Trucuklerin-Repeats für die Diagnostik Gowisch Gewinung neug Langer“tag”标签“Sequenzen fürür分析des zellulären Transkartitoms”(“SuperSAGE”)。我在这里是一种在病毒感染中的传递分析的EcoP15I-stestützten“SuperSAGE”für die Transkrip分析。Ein zweiter Komplex der arbeiten fokussiert Sich auf die Identifizierung Funktioneller Domänen BZW.amosäuren in den EcoP15I-Untereinheiten，die f für die DNA-Bindung，die Katalyse des DNA-toppelstrbruckets Sowie die Protein-Protein-Kontakte verantwortlich sind.齐尔柴油结构-Funtkion-分析蛋白质在蛋白质工程，das zu einem neuen EcoP15I-衍生品MIT einem noch gröçeren Eren Abstand zwitchen Erkennungs-und Schnittort in der DNA and Damit zur Generierung noch Längerer标记für die Transkrigtom-analyze führen soll.

Restriktionsendonukleasen sind Enzyme, die DNA-Moleküle spezifisch zu spalten vermögen. EcoP15I ist eine TypIII-Restriktionsendonuklease, die für den endonukleolytischen Angriff auf die DNA das Vorhandensein von zwei unmethylierten Kopien der nicht-palindromischen Erkennungssequenz 5-CAGCAG voraussetzt, die im DNA-Molekül invers zueinander orientiert sein müssen. Aus den vorausgegangenen Untersuchungen haben wir ein Modell zur molekularen DNA-Enzym-Wechselwirkung entwickelt. Zwei weitere Besonderheiten des Enzyms - das Vorhandensein repetitiver Triplets in der Erkennungssequenz und der vom DNA-Erkennungsort entfernt gelegene Schnittort im DNA-Molekül - haben zu Ansätzen für molekulardiagnotische Nutzungen geführt: Der Detektion und Quantifizierung von Trinukleotid-Repeats für die Diagnostik genetisch bedingter neurodegenerativer Erkrankungen sowie der Gewinnung neuartig langer "tag" Sequenzen für die Analyse des zellulären Transkriptoms ("SuperSAGE"). Im hier beantragten Vorhaben soll die Anwendbarkeit der EcoP15I-gestützten "SuperSAGE" für die Transkriptomanalyse in virusinfizierten Zellen prinzipiell gezeigt werden. Ein zweiter Komplex der Arbeiten fokussiert sich auf die Identifizierung funktioneller Domänen bzw. Aminosäuren in den EcoP15I-Untereinheiten, die für die DNA-Bindung, die Katalyse des DNA-Doppelstrangbruches sowie die Protein-Protein-Kontakte verantwortlich sind. Ziel dieser Struktur-Funtkions-Analyse des Proteins ist ihre Nutzung für ein Proteinengineering, das zu einem neuen EcoP15I-Derivat mit einem noch größeren Abstand zwischen Erkennungs- und Schnittort in der DNA und damit zur Generierung noch längerer "tags" für die Transkriptom-Analyse führen soll.