FlyBase: introduction of the Drosophila melanogaster Release 6 reference genome assembly and large-scale migration of genome annotations.
FlyBase: introduction of the Drosophila melanogaster Release 6 reference genome assembly and large-scale migration of genome annotations.
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DOI：
10.1093/nar/gku1099
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
FlyBase Consortium
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
dos Santos G;Schroeder AJ;Goodman JL;Strelets VB;Crosby MA;Thurmond J;Emmert DB;Gelbart WM;FlyBase Consortium
第6版是果蝇黑腹果蝇的最新参考基因组组装，由伯克利果蝇基因组计划于2014年发布;它取代了他们之前的第5版基因组组装，该组装已经作为参考基因组组装超过7年。随着大量的信息现在连接到D。在公共知识库和个体实验室中的黑腹果蝇基因组中，用新的组件替换以前的组件是一个重大事件，需要将注释和基因组锚定数据小心地迁移到新的改进的组件。在本报告中，我们描述了新版本6参考基因组组装的属性，FlyBase基因组注释迁移到这个新组装，如何在FlyBase（http：//www.example.com）中查看这个新组装上的基因组特征，以及用户如何将自己数据的坐标转换为相应的版本6坐标。flybase.org
Release 6, the latest reference genome assembly of the fruit fly Drosophila melanogaster, was released by the Berkeley Drosophila Genome Project in 2014; it replaces their previous Release 5 genome assembly, which had been the reference genome assembly for over 7 years. With the enormous amount of information now attached to the D. melanogaster genome in public repositories and individual laboratories, the replacement of the previous assembly by the new one is a major event requiring careful migration of annotations and genome-anchored data to the new, improved assembly. In this report, we describe the attributes of the new Release 6 reference genome assembly, the migration of FlyBase genome annotations to this new assembly, how genome features on this new assembly can be viewed in FlyBase (http://flybase.org) and how users can convert coordinates for their own data to the corresponding Release 6 coordinates.
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影响因子：
14.9
作者：
Contrino S;Smith RN;Butano D;Carr A;Hu F;Lyne R;Rutherford K;Kalderimis A;Sullivan J;Carbon S;Kephart ET;Lloyd P;Stinson EO;Washington NL;Perry MD;Ruzanov P;Zha Z;Lewis SE;Stein LD;Micklem G
通讯作者：
Micklem G
影响因子：
14.9
作者：
Flicek P;Amode MR;Barrell D;Beal K;Billis K;Brent S;Carvalho-Silva D;Clapham P;Coates G;Fitzgerald S;Gil L;Girón CG;Gordon L;Hourlier T;Hunt S;Johnson N;Juettemann T;Kähäri AK;Keenan S;Kulesha E;Martin FJ;Maurel T;McLaren WM;Murphy DN;Nag R;Overduin B;Pignatelli M;Pritchard B;Pritchard E;Riat HS;Ruffier M;Sheppard D;Taylor K;Thormann A;Trevanion SJ;Vullo A;Wilder SP;Wilson M;Zadissa A;Aken BL;Birney E;Cunningham F;Harrow J;Herrero J;Hubbard TJ;Kinsella R;Muffato M;Parker A;Spudich G;Yates A;Zerbino DR;Searle SM
通讯作者：
Searle SM
影响因子：
14.9
作者：
Benson DA;Cavanaugh M;Clark K;Karsch-Mizrachi I;Lipman DJ;Ostell J;Sayers EW
通讯作者：
Sayers EW
影响因子：
56.9
作者：
Hoskins, Roger A.;Carlson, Joseph W.;Celniker, Susan E.
通讯作者：
Celniker, Susan E.
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
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