A human microRNA precursor binding to folic acid discovered by small RNA transcriptomic SELEX.
A human microRNA precursor binding to folic acid discovered by small RNA transcriptomic SELEX.
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DOI：
10.1261/rna.057737.116
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发表时间：
2016-12
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Suga H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Terasaka N;Futai K;Katoh T;Suga H
RNA适体是与特定分子结合的结构化基序。在活细胞中发现了越来越多的携带适体元件的RNA，其功能通过直接结合代谢物来调节。最近的研究表明，可能存在更多的小RNA与代谢物结合，并可能参与多种细胞过程。然而，常规方法不一定适合于在长度范围为50至200个核苷酸的小RNA中发现这样的RNA适体元件，因为在该大小范围内的tRNA要丰富得多。在这里，我们描述了一种新的体外选择方法，发现自然发生的小RNA能够结合到一个配体的利益，称为小RNA转录组学的SELEX（smaRt-SELEX）。通过这种方法，我们鉴定了人前体microRNA 125 a（hsa-pre-miR-125 a）中与叶酸相互作用的基序。突变研究表明，hsa-pre-miR-125 a的末端环区域对于这种结合相互作用是重要的。这种方法具有潜在的发现新的RNA适体元件或催化基序的生物小RNA馏分。
RNA aptamers are structured motifs that bind to specific molecules. A growing number of RNAs bearing aptamer elements, whose functions are modulated by direct binding of metabolites, have been found in living cells. Recent studies have suggested that more small RNAs binding to metabolites likely exist and may be involved in diverse cellular processes. However, conventional methods are not necessarily suitable for the discovery of such RNA aptamer elements in small RNAs with lengths ranging from 50 to 200 nucleotides, due to the far more abundant tRNAs in this size range. Here, we describe a new in vitro selection method to uncover naturally occurring small RNAs capable of binding to a ligand of interest, referred to as small RNA transcriptomic SELEX (smaRt-SELEX). By means of this method, we identified a motif in human precursor microRNA 125a (hsa-pre-miR-125a) that interacts with folic acid. Mutation studies revealed that the terminal loop region of hsa-pre-miR-125a is important for this binding interaction. This method has potential for the discovery of new RNA aptamer elements or catalytic motifs in biological small RNA fractions.
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影响因子：
--
作者：
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