Facilitating bioinformatics reproducibility with QIIME 2 Provenance Replay.
Facilitating bioinformatics reproducibility with QIIME 2 Provenance Replay.
复制标题
DOI：
10.1371/journal.pcbi.1011676
复制
发表时间：
2023-11
影响因子：
4.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
研究再现性对于证实、建立和学习科学研究结果至关重要，但在生物信息学中却极具挑战性，因为生物信息学通常涉及大量数据集和涉及许多不同工具的复杂分析工作流程。此外，许多生物学家没有接受过如何有效记录其生物信息学分析步骤以确保可重复性的培训，因此关键信息经常丢失。生物信息学中使用的软件工具可以自动跟踪它们生成的结果的来源，消除生物信息学再现性的大多数障碍。在这里，我们提出了一个实现的想法，起源重放，一个工具，用于生成新的可执行代码的结果与QIIME 2生物信息学平台，并讨论生物信息学开发人员谁希望在他们的软件中实现类似的功能的考虑。
Study reproducibility is essential to corroborate, build on, and learn from the results of scientific research but is notoriously challenging in bioinformatics, which often involves large data sets and complex analytic workflows involving many different tools. Additionally, many biologists are not trained in how to effectively record their bioinformatics analysis steps to ensure reproducibility, so critical information is often missing. Software tools used in bioinformatics can automate provenance tracking of the results they generate, removing most barriers to bioinformatics reproducibility. Here we present an implementation of that idea, Provenance Replay, a tool for generating new executable code from results generated with the QIIME 2 bioinformatics platform, and discuss considerations for bioinformatics developers who wish to implement similar functionality in their software.
登录
查看更多内容
影响因子：
7.3
作者：
DAVIS, FD
通讯作者：
DAVIS, FD
影响因子：
48
作者：
Gonzalez A;Navas-Molina JA;Kosciolek T;McDonald D;Vázquez-Baeza Y;Ackermann G;DeReus J;Janssen S;Swafford AD;Orchanian SB;Sanders JG;Shorenstein J;Holste H;Petrus S;Robbins-Pianka A;Brislawn CJ;Wang M;Rideout JR;Bolyen E;Dillon M;Caporaso JG;Dorrestein PC;Knight R
通讯作者：
Knight R
影响因子：
15.5
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Afgan E;Baker D;Batut B;van den Beek M;Bouvier D;Cech M;Chilton J;Clements D;Coraor N;Grüning BA;Guerler A;Hillman-Jackson J;Hiltemann S;Jalili V;Rasche H;Soranzo N;Goecks J;Taylor J;Nekrutenko A;Blankenberg D
通讯作者：
Blankenberg D
影响因子：
29.9
作者：
Munafò MR;Nosek BA;Bishop DVM;Button KS;Chambers CD;du Sert NP;Simonsohn U;Wagenmakers EJ;Ware JJ;Ioannidis JPA
通讯作者：
Ioannidis JPA