GinkgoDB: an ecological genome database for the living fossil, Ginkgo biloba.
GinkgoDB: an ecological genome database for the living fossil, Ginkgo biloba.
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GinkgoDB：活化石银杏的生态基因组数据库
DOI：
10.1093/database/baac046
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发表时间：
2022-06-27
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虽然已经建立了越来越多的物种特定的数据库，以促进全球研究界，全面的数据库仍然罕见的多维研究资源，而不是基因组数据，特别是对非模式物种。在这里，我们介绍了GinkgoDB，世界著名的活化石银杏的生态基因组数据库，一个具有极长寿命、特殊抗性、全球景观应用和树种多样性的树种GinkgoDB目前的版本由基因组、发生、样方和图库四个模块组成。基因组模块包括两个版本的染色体水平组装的基因组，具有高质量的注释，每个性别的不同组织的表达谱和来自545个银杏基因组的变体。还在网上部署了一套工具，用于搜索、爆破和进一步分析。出现模块包含分布信息超过一百万记录在世界各地的8926个个人层面的标记树与表型性状数据在东亚的重点。样方模块提供了27块天然银杏林样地的物种和生境监测数据以及整个植物群落功能性状的定期测量数据。图库模块收集了不同银杏材料的田间形态照片和扫描表型图像。GinkgoDB展示了一个针对单一非模式物种的全面且持续增长的数据库。 数据库URL：https://ginkgo.zju.edu.cn/
Although an increasing number of species-specific databases have been constructed to facilitate the global research community, comprehensive databases remain rare with multidimensional research resources rather than genomic data solely, in particular for non-model species. Here we introduced GinkgoDB, the ecological genome database for the world-renowned living fossil, Ginkgo biloba L., a tree species with extreme longevity, exceptional resistance, global landscape application and dioecy. The present version of GinkgoDB consists of four modules of genome, occurrence, quadrat and gallery. The genome module includes two versions of chromosome-level assembled genomes with high-quality annotation, expression profiles of each sex for different tissues and variants from 545 ginkgo genomes. A suite of tools were also deployed online for search, blast and further analyses. The occurrence module contains distribution information of over one million records across the world with an emphasis on 8926 individual-level tagged trees with phenotypic trait data in eastern Asia. The quadrat module provides monitoring data of both species and habitats from 27 plots of natural ginkgo forests and periodic data of functional traits measured for the entire plant communities. The gallery module collects field morphological photos and scanned phenotypic images of various ginkgo materials. GinkgoDB showcases a comprehensive and persistently growing database for a single non-model species. Database URL: https://ginkgo.zju.edu.cn/
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Chen W