The Bgee suite: integrated curated expression atlas and comparative transcriptomics in animals.
The Bgee suite: integrated curated expression atlas and comparative transcriptomics in animals.
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DOI：
10.1093/nar/gkaa793
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发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Robinson-Rechavi M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bastian FB;Roux J;Niknejad A;Comte A;Fonseca Costa SS;de Farias TM;Moretti S;Parmentier G;de Laval VR;Rosikiewicz M;Wollbrett J;Echchiki A;Escoriza A;Gharib WH;Gonzales-Porta M;Jarosz Y;Laurenczy B;Moret P;Person E;Roelli P;Sanjeev K;Seppey M;Robinson-Rechavi M
Bgee是一个检索和比较多种动物物种基因表达模式的数据库，通过整合多种数据类型（RNA-Seq、Affymetrix、原位杂交和EST数据）而产生。它完全基于精心设计的健康野生型表达数据（例如，没有基因敲除，没有治疗，没有疾病），以提供正常基因表达的可比参考。管理包括非常大的数据集，如GTEx（将样本重新标注为“健康”或不健康）以及许多小的数据集。由于数据注释和处理的一致性，以及表达存在/不存在的调用，以及表达分数，数据被整合并在物种之间进行比较。因此，Bgee能够检测任何单个基因的表达条件，适应任何数据类型和物种。Bgee提供了多种分析工具，例如，允许物种内部和物种之间基因表达模式的自动比较，检索任何基因的首选表达条件，或对基因组表达条件进行富集分析。Bgee 14.1版本包括29种动物，可通过https://bgee.org/和其Bioconductor R软件包BgeeDB获得。
Bgee is a database to retrieve and compare gene expression patterns in multiple animal species, produced by integrating multiple data types (RNA-Seq, Affymetrix, in situ hybridization, and EST data). It is based exclusively on curated healthy wild-type expression data (e.g., no gene knock-out, no treatment, no disease), to provide a comparable reference of normal gene expression. Curation includes very large datasets such as GTEx (re-annotation of samples as ‘healthy’ or not) as well as many small ones. Data are integrated and made comparable between species thanks to consistent data annotation and processing, and to calls of presence/absence of expression, along with expression scores. As a result, Bgee is capable of detecting the conditions of expression of any single gene, accommodating any data type and species. Bgee provides several tools for analyses, allowing, e.g., automated comparisons of gene expression patterns within and between species, retrieval of the prefered conditions of expression of any gene, or enrichment analyses of conditions with expression of sets of genes. Bgee release 14.1 includes 29 animal species, and is available at https://bgee.org/ and through its Bioconductor R package BgeeDB.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btw374
发表时间：
2016-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Rosikiewicz M;Robinson-Rechavi M
通讯作者：
Robinson-Rechavi M
影响因子：
14.9
作者：
The Gene Ontology Consortium
通讯作者：
The Gene Ontology Consortium
影响因子：
14.9
作者：
Federhen S
通讯作者：
Federhen S
影响因子：
9.8
作者：
Ammari, Mais;Aryamontri, Andrew Chatr;Wood, Valerie
通讯作者：
Wood, Valerie
发现公共转录组学数据中隐藏的重复内容。
DOI：
10.1093/database/bat010
发表时间：
2013
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Rosikiewicz M;Comte A;Niknejad A;Robinson-Rechavi M;Bastian FB
通讯作者：
Bastian FB