Evolution of H3K27me3-marked chromatin is linked to gene expression evolution and to patterns of gene duplication and diversification.
Evolution of H3K27me3-marked chromatin is linked to gene expression evolution and to patterns of gene duplication and diversification.
复制标题
DOI：
10.1101/gr.162008.113
复制
发表时间：
2014-07
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
White KP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Arthur RK;Ma L;Slattery M;Spokony RF;Ostapenko A;Nègre N;White KP
组蛋白修饰对于基因表达、细胞类型规范和分化的调节至关重要。然而，尚未对分化生物体中调节基因表达的关键修饰的进化模式进行研究。在这里，我们绘制了四种果蝇中抑制标记组蛋白 3 赖氨酸 27 三甲基化 (H3K27me3) 的基因组位置，并将这些模式与线虫中的模式进行了比较。我们发现 H3K27me3 的模式在物种间高度保守，但重复基因之间的保守性要弱得多。我们进一步发现，与串联重复相比，逆位与 H3K27me3 和基因表达更大的进化变化相关，这表明局部染色质限制影响重复基因的进化。这些变化也与基因表达的伴随进化有关。我们的研究结果揭示了远缘物种中表观遗传标记控制的基因组结构的强烈保守性，以及基因复制在生成新的 H3K27me3 谱中的重要性。
Histone modifications are critical for the regulation of gene expression, cell type specification, and differentiation. However, evolutionary patterns of key modifications that regulate gene expression in differentiating organisms have not been examined. Here we mapped the genomic locations of the repressive mark histone 3 lysine 27 trimethylation (H3K27me3) in four species of Drosophila, and compared these patterns to those in C. elegans. We found that patterns of H3K27me3 are highly conserved across species, but conservation is substantially weaker among duplicated genes. We further discovered that retropositions are associated with greater evolutionary changes in H3K27me3 and gene expression than tandem duplications, indicating that local chromatin constraints influence duplicated gene evolution. These changes are also associated with concomitant evolution of gene expression. Our findings reveal the strong conservation of genomic architecture governed by an epigenetic mark across distantly related species and the importance of gene duplication in generating novel H3K27me3 profiles.
登录
查看更多内容
影响因子：
9.5
作者：
Feng S;Jacobsen SE
通讯作者：
Jacobsen SE
影响因子：
30.8
作者：
He, Qiye;Bardet, Anais F.;Zeitlinger, Julia
通讯作者：
Zeitlinger, Julia
DOI：
10.1038/nrg2487
发表时间：
2009-01
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
结合位点转换导致密切相关的果蝇物种之间的转录因子结合发生普遍的数量变化。
影响因子：
9.8
作者：
Bradley RK;Li XY;Trapnell C;Davidson S;Pachter L;Chu HC;Tonkin LA;Biggin MD;Eisen MB
通讯作者：
Eisen MB
影响因子：
2.4
作者：
Ellinger, Joerg;Kahl, Philip;Rogenhofer, Sebastian
通讯作者：
Rogenhofer, Sebastian