InterProScan 5: genome-scale protein function classification.
InterProScan 5: genome-scale protein function classification.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu031
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发表时间：
2014-05-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hunter S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jones P;Binns D;Chang HY;Fraser M;Li W;McAnulla C;McWilliam H;Maslen J;Mitchell A;Nuka G;Pesseat S;Quinn AF;Sangrador-Vegas A;Scheremetjew M;Yong SY;Lopez R;Hunter S
动机：强大的大规模序列分析是现代基因组科学中的一个主要挑战，生物学家经常试图表征数百万个序列。在这里，我们描述了一个新的基于Java的架构，广泛使用的蛋白质功能预测软件包InterProScan。发展包括改进和增加软件的输出和软件框架的完整重新实现，从而产生一个灵活和稳定的系统，能够使用多处理器机器和/或传统集群来实现可扩展的分布式数据分析。InterProScan可从EMBl-EBI FTP站点免费下载，开源代码托管在Google Code。可用性和实施：InterProScan通过FTP在ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/上发布，源代码可从http://code.google.com/p/interproscan/上获得。联系方式：http://www.ebi.ac.uk/support或interhelp@ebi.ac.uk或mitchell@ebi.ac.uk
Motivation: Robust large-scale sequence analysis is a major challenge in modern genomic science, where biologists are frequently trying to characterize many millions of sequences. Here, we describe a new Java-based architecture for the widely used protein function prediction software package InterProScan. Developments include improvements and additions to the outputs of the software and the complete reimplementation of the software framework, resulting in a flexible and stable system that is able to use both multiprocessor machines and/or conventional clusters to achieve scalable distributed data analysis. InterProScan is freely available for download from the EMBl-EBI FTP site and the open source code is hosted at Google Code. Availability and implementation: InterProScan is distributed via FTP at ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/ and the source code is available from http://code.google.com/p/interproscan/. Contact: http://www.ebi.ac.uk/support or interhelp@ebi.ac.uk or mitchell@ebi.ac.uk
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影响因子：
14.9
作者：
Haft DH;Selengut JD;Richter RA;Harkins D;Basu MK;Beck E
通讯作者：
Beck E
DOI：
10.1093/database/bas019
发表时间：
2012
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Attwood TK;Coletta A;Muirhead G;Pavlopoulou A;Philippou PB;Popov I;Romá-Mateo C;Theodosiou A;Mitchell AL
通讯作者：
Mitchell AL
影响因子：
14.9
作者：
Hunter S;Jones P;Mitchell A;Apweiler R;Attwood TK;Bateman A;Bernard T;Binns D;Bork P;Burge S;de Castro E;Coggill P;Corbett M;Das U;Daugherty L;Duquenne L;Finn RD;Fraser M;Gough J;Haft D;Hulo N;Kahn D;Kelly E;Letunic I;Lonsdale D;Lopez R;Madera M;Maslen J;McAnulla C;McDowall J;McMenamin C;Mi H;Mutowo-Muellenet P;Mulder N;Natale D;Orengo C;Pesseat S;Punta M;Quinn AF;Rivoire C;Sangrador-Vegas A;Selengut JD;Sigrist CJ;Scheremetjew M;Tate J;Thimmajanarthanan M;Thomas PD;Wu CH;Yeats C;Yong SY
通讯作者：
Yong SY
影响因子：
14.9
作者：
Goujon M;McWilliam H;Li W;Valentin F;Squizzato S;Paern J;Lopez R
通讯作者：
Lopez R
影响因子：
14.9
作者：
Wu, CH;Nikolskaya, A;Barker, WC
通讯作者：
Barker, WC