FYPO: the fission yeast phenotype ontology.
FYPO: the fission yeast phenotype ontology.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt266
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发表时间：
2013-07-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Wood V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Harris MA;Lock A;Bähler J;Oliver SG;Wood V
动机：为了提供表型数据的一致的可计算描述，PomBase正在开发一个在裂变酵母中观察到的表型的正式本体。结果如下：裂变酵母表型本体（FYPO）是一个模块化本体，它使用来自开放生物和生物医学本体（OBO）集合的几个现有本体作为构建块，包括表型质量本体PATO，基因本体和生物感兴趣的化学实体。模块化本体论的发展有利于部分自动化的有效组织的详细的表型描述与复杂的关系，彼此和潜在的生物现象。因此，FYPO支持复杂的查询，计算分析和不同实验之间甚至物种之间的比较。可用性：FYPO发行版可以从PomBase SourceForge项目页面的Subversion仓库获得（https：//sourceforge.net/p/pombase/code/HEAD/tree/phenotype_ontology/）.当前版本的FYPO也可以在OBO Foundry网站（http：//obofoundry.org/）上获得。联系方式：mah79@cam.ac.uk或vw253@cam.ac.uk
Motivation: To provide consistent computable descriptions of phenotype data, PomBase is developing a formal ontology of phenotypes observed in fission yeast. Results: The fission yeast phenotype ontology (FYPO) is a modular ontology that uses several existing ontologies from the open biological and biomedical ontologies (OBO) collection as building blocks, including the phenotypic quality ontology PATO, the Gene Ontology and Chemical Entities of Biological Interest. Modular ontology development facilitates partially automated effective organization of detailed phenotype descriptions with complex relationships to each other and to underlying biological phenomena. As a result, FYPO supports sophisticated querying, computational analysis and comparison between different experiments and even between species. Availability: FYPO releases are available from the Subversion repository at the PomBase SourceForge project page (https://sourceforge.net/p/pombase/code/HEAD/tree/phenotype_ontology/). The current version of FYPO is also available on the OBO Foundry Web site (http://obofoundry.org/). Contact: mah79@cam.ac.uk or vw253@cam.ac.uk
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