Assessing the effect of varying sequence length on DNA barcoding of fungi.
Assessing the effect of varying sequence length on DNA barcoding of fungi.
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评估序列长度对真菌DNA条形码的影响。
DOI：
10.1111/j.1471-8286.2007.01698.x
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发表时间：
2007-05-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hickey DA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Min XJ;Hickey DA
DNA 条形码显示出在物种水平上快速识别生物体的巨大前景。然而，最近关于是否需要更长的条形码序列存在很多争论，特别是当这些序列用于构建分子系统发育时。在这里，我们分析了一组不同长度的真菌线粒体序列，并监测了减少序列长度对物种鉴定和系统发育重建数据效用的影响。我们的结果表明，减少序列长度对所得系统发育树的准确性具有深远的影响，但令人惊讶的是短序列仍然可以产生准确的物种鉴定。我们的结论是，标准短条形码序列（∼600 bp）不适合推断准确的系统发育关系，但足以用于真菌之间的物种鉴定。
DNA barcoding shows enormous promise for the rapid identification of organisms at the species level. There has been much recent debate, however, about the need for longer barcode sequences, especially when these sequences are used to construct molecular phylogenies. Here, we have analysed a set of fungal mitochondrial sequences — of various lengths — and we have monitored the effect of reducing sequence length on the utility of the data for both species identification and phylogenetic reconstruction. Our results demonstrate that reducing sequence length has a profound effect on the accuracy of resulting phylogenetic trees, but surprisingly short sequences still yield accurate species identifications. We conclude that the standard short barcode sequences (∼600 bp) are not suitable for inferring accurate phylogenetic relationships, but they are sufficient for species identification among the fungi.
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DOI：
10.1098/rsbl.2003.0025
发表时间：
2003-08-07
影响因子：
4.7
作者：
Hebert, PDN;Ratnasingham, S;deWaard, JR
通讯作者：
deWaard, JR
影响因子：
9.8
作者：
Hebert PD;Stoeckle MY;Zemlak TS;Francis CM
通讯作者：
Francis CM
影响因子：
3
作者：
Kouvelis, VN;Ghikas, DV;Typas, MA
通讯作者：
Typas, MA
DOI：
10.1098/rstb.2005.1716
发表时间：
2005-10-29
影响因子：
6.3
作者：
Ward, RD;Zemlak, TS;Hebert, PDN
通讯作者：
Hebert, PDN
DOI：
10.1007/s10482-005-8544-x
发表时间：
2005-10-01
影响因子：
2.6
作者：
Litter, J;Keszthelyi, A;Kucsera, J
通讯作者：
Kucsera, J