Long noncoding RNAs with enhancer-like function in human cells.
Long noncoding RNAs with enhancer-like function in human cells.
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DOI：
10.1016/j.cell.2010.09.001
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发表时间：
2010-10-01
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Shiekhattar R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ørom UA;Derrien T;Beringer M;Gumireddy K;Gardini A;Bussotti G;Lai F;Zytnicki M;Notredame C;Huang Q;Guigo R;Shiekhattar R
虽然长非编码RNA（ncRNAs）在哺乳动物转录组中占很大比例，但它们的生物学功能仍然难以捉摸。一些经过详细研究的长ncRNAs在X染色体失活和印记等过程中使基因表达沉默。我们利用人类基因组的GENCODE注释来描述在多种细胞系中表达的一千多种长ncRNAs的特征。出乎意料的是，我们在人类细胞系中发现了一组这些长ncRNAs具有类似增强子的功能。一些ncRNAs的缺失导致其邻近的蛋白质编码基因表达增加，包括造血作用的主要调节因子SCL（也称为TAL1）、Snai1和Snai2。通过异源转录分析，我们证明了ncRNAs在介导这种基因表达增强中的必要性。这些结果揭示了一类长ncRNAs在激活发育和分化的关键调节因子方面的一种意想不到的作用。
While the long non-coding RNAs (ncRNAs) constitute a large portion of the mammalian transcriptome, their biological functions has remained elusive. A few long ncRNAs that have been studied in any detail silence gene expression in processes such as X-inactivation and imprinting. We used a GENCODE annotation of the human genome to characterize over a thousand long ncRNAs that are expressed in multiple cell lines. Unexpectedly, we found an enhancer-like function for a set of these long ncRNAs in human cell lines. Depletion of a number of ncRNAs led to increased expression of their neighboring protein-coding genes, including the master regulator of hematopoiesis, SCL (also called TAL1), Snai1 and Snai2. Using heterologous transcription assays we demonstrated a requirement for the ncRNAs in mediating such enhancement of gene expression. These results reveal an unanticipated role for a class of long ncRNAs in activation of critical regulators of development and differentiation.
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影响因子：
56.9
作者：
Cheng, J;Kapranov, P;Gingeras, TR
通讯作者：
Gingeras, TR
影响因子：
64.8
作者：
Heintzman, Nathaniel D.;Hon, Gary C.;Hawkins, R. David;Kheradpour, Pouya;Stark, Alexander;Harp, Lindsey F.;Ye, Zhen;Lee, Leonard K.;Stuart, Rhona K.;Ching, Christina W.;Ching, Keith A.;Antosiewicz-Bourget, Jessica E.;Liu, Hui;Zhang, Xinmin;Green, Roland D.;Lobanenkov, Victor V.;Stewart, Ron;Thomson, James A.;Crawford, Gregory E.;Kellis, Manolis;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing
影响因子：
--
作者：
Blanco, Enrique;Parra, Genis;Guigo, Roderic
通讯作者：
Guigo, Roderic
影响因子：
5.3
作者：
Kong, SM;Bohl, D;Tuan, D
通讯作者：
Tuan, D
影响因子：
56.9
作者：
Kapranov, Philipp;Cheng, Jill;Gingeras, Thomas R.
通讯作者：
Gingeras, Thomas R.