Widespread distribution and structural diversity of Type IV IRESs in members of Picornaviridae.
Widespread distribution and structural diversity of Type IV IRESs in members of Picornaviridae.
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DOI：
10.1016/j.virol.2015.02.016
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发表时间：
2015-04
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Hellen, Christopher U. T.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Asnani, Mukta;Kumar, Parimal;Hellen, Christopher U. T.
小核糖核酸病毒基因组含有内部核糖体进入位点（IRES），其促进末端非依赖性翻译起始。小核糖核酸病毒IRES的五种结构类型已被确定，但许多IRES仍然未分类。在这里，在三种拟议的小核糖核酸病毒属（Limnipivirus、Pasivirus、Rafivirus）和四种公认的属（Kobuvirus、Megrivirus、Sapelovirus、Parechovirus）的成员中发现了以前未识别的IV型IRES。这些IRES的长度为230-420个核苷酸，反映了共同结构核心之外的异质性。通过更深入的分析，可以深入了解塑造当代可再生能源系统的演变过程。不同属中相关IRES的存在支持了它们是通过水平基因转移传播的可遗传元件的假设。交换的一些外围子域，这表明IRES的演变涉及增量添加元素到一个预先存在的核心可能也占到解释。核苷酸保守集中在核糖体结合位点和螺旋结构域的连接处，可能确保活性构象中的亚结构域的取向。
Picornavirus genomes contain internal ribosomal entry sites (IRESs) that promote end-independent translation initiation. Five structural classes of picornavirus IRES have been identified, but numerous IRESs remain unclassified. Here, previously unrecognized Type IV IRESs were identified in members of three proposed picornavirus genera (Limnipivirus, Pasivirus, Rafivirus) and four recognized genera (Kobuvirus, Megrivirus, Sapelovirus, Parechovirus). These IRESs are ∼230–420 nucleotides long, reflecting heterogeneity outside a common structural core. Closer analysis yielded insights into evolutionary processes that have shaped contemporary IRESs. The presence of related IRESs in diverse genera supports the hypothesis that they are heritable genetic elements that spread by horizontal gene transfer. Recombination likely also accounts for the exchange of some peripheral subdomains, suggesting that IRES evolution involves incremental addition of elements to a pre-existing core. Nucleotide conservation is concentrated in ribosome-binding sites, and at the junction of helical domains, likely to ensure orientation of subdomains in an active conformation.
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影响因子：
3.3
作者：
Liao, Qinfeng;Zheng, Lisha;Zhang, Dabing
通讯作者：
Zhang, Dabing
影响因子：
14.9
作者：
Leontis, NB;Stombaugh, J;Westhof, E
通讯作者：
Westhof, E
DOI：
10.1111/nph.12650
发表时间：
2014-04
期刊：
The New phytologist
影响因子：
--
作者：
Miras M;Sempere RN;Kraft JJ;Miller WA;Aranda MA;Truniger V
通讯作者：
Truniger V
DOI：
10.1038/nsb1004
发表时间：
2003-12-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Lukavsky, PJ;Kim, I;Puglisi, JD
通讯作者：
Puglisi, JD
影响因子：
5.4
作者：
Kapoor, A.;Victoria, J.;Delwart, E.
通讯作者：
Delwart, E.