Genome analysis of a major urban malaria vector mosquito, Anopheles stephensi.
Genome analysis of a major urban malaria vector mosquito, Anopheles stephensi.
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DOI：
10.1186/s13059-014-0459-2
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发表时间：
2014-09-23
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Tu Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jiang X;Peery A;Hall AB;Sharma A;Chen XG;Waterhouse RM;Komissarov A;Riehle MM;Shouche Y;Sharakhova MV;Lawson D;Pakpour N;Arensburger P;Davidson VL;Eiglmeier K;Emrich S;George P;Kennedy RC;Mane SP;Maslen G;Oringanje C;Qi Y;Settlage R;Tojo M;Tubio JM;Unger MF;Wang B;Vernick KD;Ribeiro JM;James AA;Michel K;Riehle MA;Luckhart S;Sharakhov IV;Tu Z
斯氏按蚊是整个印度次大陆和中东地区疟疾的主要媒介，也是蚊子-寄生虫相互作用的分子和遗传研究的新兴模型。该物种的模式形式是其分布范围内大部分城市疟疾传播的原因。在这里，我们报告的基因组序列和注释的印度株的模式形式的一个。史蒂芬西221 Mb基因组组装代表了整个基因组的92%以上，并且使用454、Illumina和PacBio测序的组合产生。物理图谱将62%的基因组分配到染色体上，从而实现基于染色体的分析。一个人之间的比较stephensi和安氏隐翅虫An. gambiae的研究表明，X染色体上的基因顺序重排率是常染色体上的3倍。一个. stephensi比An在臂间区有更多的异染色质，但在染色体臂上有较少的重复DNA。冈比亚。我们还鉴定了一些Y染色体重叠群和BAC。散布的重复序列占组装基因组的7.1%，而LTR反转录转座子单独占Y重叠群的49%以上。RNA-seq分析为蚊子的先天免疫、发育和性二型性提供了新的见解。本手稿中描述的基因组分析为主要城市疟疾媒介的基础和转化研究提供了资源和平台。基于染色体的研究为按蚊染色体进化提供了独特的视角。RNA-seq分析和免疫基因的研究为蚊子生物学和蚊子-寄生虫相互作用提供了新的见解。本文的在线版本（doi：10.1186/s13059-014-0459-2）包含补充材料，可供授权用户使用。
Anopheles stephensi is the key vector of malaria throughout the Indian subcontinent and Middle East and an emerging model for molecular and genetic studies of mosquito-parasite interactions. The type form of the species is responsible for the majority of urban malaria transmission across its range. Here, we report the genome sequence and annotation of the Indian strain of the type form of An. stephensi. The 221 Mb genome assembly represents more than 92% of the entire genome and was produced using a combination of 454, Illumina, and PacBio sequencing. Physical mapping assigned 62% of the genome onto chromosomes, enabling chromosome-based analysis. Comparisons between An. stephensi and An. gambiae reveal that the rate of gene order reshuffling on the X chromosome was three times higher than that on the autosomes. An. stephensi has more heterochromatin in pericentric regions but less repetitive DNA in chromosome arms than An. gambiae. We also identify a number of Y-chromosome contigs and BACs. Interspersed repeats constitute 7.1% of the assembled genome while LTR retrotransposons alone comprise more than 49% of the Y contigs. RNA-seq analyses provide new insights into mosquito innate immunity, development, and sexual dimorphism. The genome analysis described in this manuscript provides a resource and platform for fundamental and translational research into a major urban malaria vector. Chromosome-based investigations provide unique perspectives on Anopheles chromosome evolution. RNA-seq analysis and studies of immunity genes offer new insights into mosquito biology and mosquito-parasite interactions. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-014-0459-2) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
2.6
作者：
Criscione F;Qi Y;Saunders R;Hall B;Tu Z
通讯作者：
Tu Z
DOI：
10.1073/pnas.0603984103
发表时间：
2006-12-26
影响因子：
11.1
作者：
Chaisson, M. J.;Raphael, B. J.;Pevzner, P. A.
通讯作者：
Pevzner, P. A.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp348
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Capella-Gutiérrez S;Silla-Martínez JM;Gabaldón T
通讯作者：
Gabaldón T
影响因子：
15.8
作者：
Alonso PL;Brown G;Arevalo-Herrera M;Binka F;Chitnis C;Collins F;Doumbo OK;Greenwood B;Hall BF;Levine MM;Mendis K;Newman RD;Plowe CV;Rodríguez MH;Sinden R;Slutsker L;Tanner M
通讯作者：
Tanner M