The Pristionchus pacificus genome provides a unique perspective on nematode lifestyle and parasitism.
The Pristionchus pacificus genome provides a unique perspective on nematode lifestyle and parasitism.
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DOI：
10.1038/ng.227
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发表时间：
2008-10
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Sommer, Ralf J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dieterich, Christoph;Clifton, Sandra W.;Schuster, Lisa N.;Chinwalla, Asif;Delehaunty, Kimberly;Dinkelacker, Iris;Fulton, Lucinda;Fulton, Robert;Godfrey, Jennifer;Minx, Pat;Mitreva, Makedonka;Roeseler, Waltraud;Tian, Huiyu;Witte, Hanh;Yang, Shiaw-Pyng;Wilson, Richard K.;Sommer, Ralf J.
在这里，我们提出了一个草案的基因组序列的线虫Pristionchus pacificus，一个物种，是与甲虫和进化生物学的模型系统。具有169 Mb和23，500个预测的蛋白质编码基因，P. pacificus基因组比秀丽隐杆线虫和人类寄生虫马来丝虫的基因组大。与C.与秀丽隐杆线虫相比，太平洋隐杆线虫基因组具有更多编码细胞色素P450酶、葡糖基转移酶、磺基转移酶和ABC转运蛋白的基因，其中许多基因已被实验验证。太平洋假单胞菌基因组含有编码纤维素酶和滞育素的基因，并且在太平洋假单胞菌分泌物中发现纤维素酶活性，表明纤维素酶可以在植物寄生虫以外的线虫中发现。太平洋拟单胞菌体内解毒和降解酶的数量相对较高，这与其尸经期的生活方式相一致，可能代表了其对寄生的一种预适应。因此，比较基因组学分析的三个生态不同的线虫提供了一个独特的机会，调查基因组结构和生活方式之间的关联。
Here we present a draft genome sequence of the nematode Pristionchus pacificus, a species that is associated with beetles and is used as a model system in evolutionary biology. With 169 Mb and 23,500 predicted protein-coding genes, the P. pacificus genome is larger than those of Caenorhabditis elegans and the human parasite Brugia malayi. Compared to C. elegans, the P. pacificus genome has more genes encoding cytochrome P450 enzymes, glucosyltransferases, sulfotransferases and ABC transporters, many of which were experimentally validated. The P. pacificus genome contains genes encoding cellulase and diapausin, and cellulase activity is found in P. pacificus secretions, indicating that cellulases can be found in nematodes beyond plant parasites. The relatively higher number of detoxification and degradation enzymes in P. pacificus is consistent with its necromenic lifestyle and might represent a preadaptation for parasitism. Thus, comparative genomics analysis of three ecologically distinct nematodes offers a unique opportunity to investigate the association between genome structure and lifestyle.
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