QuantPrime--a flexible tool for reliable high-throughput primer design for quantitative PCR.
QuantPrime--a flexible tool for reliable high-throughput primer design for quantitative PCR.
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DOI：
10.1186/1471-2105-9-465
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发表时间：
2008-11-01
影响因子：
3
通讯作者：
Mueller-Roeber B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Arvidsson S;Kwasniewski M;Riaño-Pachón DM;Mueller-Roeber B
利用定量聚合酶链反应（qPCR）测定中、大规模表达谱在基因组学研究中变得越来越重要。实验准备的一个主要瓶颈是特定引物对的设计，研究人员必须做出几个明智的选择，通常超出他们的专业领域。使用目前可用的引物设计工具，必须做出几个交互决策，导致冗长的设计过程和不同质量的分析。在这里，我们介绍了QuantPrime，一个直观和用户友好的全自动工具，用于小到大规模qPCR分析的引物对设计。QuantPrime可以通过互联网在线使用，也可以下载后在本地电脑上使用；它通过高度可定制的参数提供设计和特异性检查，并准备好与许多重要的高等真核模式生物和植物作物（目前共有295种）的公开可用转录组一起使用，同时受益于可用基因组注释中的外显子-内含子边界和可选剪接变体信息。以模式植物拟南芥（Arabidopsis thaliana）、作物Hordeum vulgare和模式绿藻衣藻（Chlamydomonas reinhardtii）为实验对象，设计的引物对的成功率超过96%。正如实验数据所证明的那样，QuantPrime构成了一个灵活的、全自动的web应用程序，用于可靠的引物设计，用于更大的qPCR实验。灵活的框架也可以简单地用于其他定量应用，例如用于qPCR的水解探针设计和用于定量原位杂交的寡核苷酸探针设计。用户未来提出的建议可以很容易地实现，从而使QuantPrime发展成为一个广泛的设计RNA表达分析的平台。
Medium- to large-scale expression profiling using quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assays are becoming increasingly important in genomics research. A major bottleneck in experiment preparation is the design of specific primer pairs, where researchers have to make several informed choices, often outside their area of expertise. Using currently available primer design tools, several interactive decisions have to be made, resulting in lengthy design processes with varying qualities of the assays. Here we present QuantPrime, an intuitive and user-friendly, fully automated tool for primer pair design in small- to large-scale qPCR analyses. QuantPrime can be used online through the internet or on a local computer after download; it offers design and specificity checking with highly customizable parameters and is ready to use with many publicly available transcriptomes of important higher eukaryotic model organisms and plant crops (currently 295 species in total), while benefiting from exon-intron border and alternative splice variant information in available genome annotations. Experimental results with the model plant Arabidopsis thaliana, the crop Hordeum vulgare and the model green alga Chlamydomonas reinhardtii show success rates of designed primer pairs exceeding 96%. QuantPrime constitutes a flexible, fully automated web application for reliable primer design for use in larger qPCR experiments, as proven by experimental data. The flexible framework is also open for simple use in other quantification applications, such as hydrolyzation probe design for qPCR and oligonucleotide probe design for quantitative in situ hybridization. Future suggestions made by users can be easily implemented, thus allowing QuantPrime to be developed into a broad-range platform for the design of RNA expression assays.
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