Transcript length mediates developmental timing of gene expression across Drosophila.
Transcript length mediates developmental timing of gene expression across Drosophila.
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DOI：
10.1093/molbev/msu226
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发表时间：
2014-11
影响因子：
10.7
通讯作者：
Fraser HB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Artieri CG;Fraser HB
转录具有长初级转录本的基因所需的时间可能会限制它们在有丝分裂周期短的细胞中表达的能力，这种现象称为内含子延迟。由于如此短的周期是昆虫发育最早阶段的标志，我们测试了内含子延迟对果蝇发育转录组的影响。我们发现长合子表达的基因相对于其较短的对应基因表现出明显的表达延迟，而母本沉积的转录本则没有观察到这一点。转录本上的 RNA-seq 覆盖模式表明，这种延迟与它们无法完全转录长转录本一致，但与基于转录起始的调控控制无关。我们进一步表明，高表达的合子基因在果蝇系统发育中维持紧凑的转录区域，从而允许胚胎表达模式的保存。我们提出内含子延迟的物理限制影响果蝇转录组大部分的表达模式和基因结构的进化。
The time required to transcribe genes with long primary transcripts may limit their ability to be expressed in cells with short mitotic cycles, a phenomenon termed intron delay. As such short cycles are a hallmark of the earliest stages of insect development, we tested the impact of intron delay on the Drosophila developmental transcriptome. We find that long zygotically expressed genes show substantial delay in expression relative to their shorter counterparts, which is not observed for maternally deposited transcripts. Patterns of RNA-seq coverage along transcripts show that this delay is consistent with their inability to completely transcribe long transcripts, but not with transcriptional initiation-based regulatory control. We further show that highly expressed zygotic genes maintain compact transcribed regions across the Drosophila phylogeny, allowing conservation of embryonic expression patterns. We propose that the physical constraints of intron delay affect patterns of expression and the evolution of gene structure of a substantial portion of the Drosophila transcriptome.
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影响因子：
64.8
作者：
Clark, Andrew G.;Eisen, Michael B.;MacCallum, Iain
通讯作者：
MacCallum, Iain
DOI：
10.1073/pnas.96.8.4482
发表时间：
1999-04-13
影响因子：
11.1
作者：
Duret, L;Mouchiroud, D
通讯作者：
Mouchiroud, D
DOI：
10.1093/biostatistics/kxr054
发表时间：
2012-04
期刊：
Biostatistics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Hansen KD;Irizarry RA;Wu Z
通讯作者：
Wu Z
DOI：
10.1083/jcb.200601156
发表时间：
2006-04-24
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Frescas D;Mavrakis M;Lorenz H;Delotto R;Lippincott-Schwartz J
通讯作者：
Lippincott-Schwartz J
影响因子：
64.5
作者：
EDGAR, BA;SCHUBIGER, G
通讯作者：
SCHUBIGER, G