Quantitative assessment of the human gut microbiome using multitag pyrosequencing.
Quantitative assessment of the human gut microbiome using multitag pyrosequencing.
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DOI：
10.1002/cbdv.200900322
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发表时间：
2010-05
影响因子：
2.9
通讯作者：
Mutlu, Ece A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gillevet, Patrick;Sikaroodi, Masoumeh;Keshavarzian, Ali;Mutlu, Ece A.
分子技术的最新进展现在使得深入研究人类微生物组成为可能，以更好地了解与宿主生物的相互作用及其在疾病中的作用。我们现在报告使用长度杂环聚合酶链反应（LH-PCR）来调查样品和专有的多标记焦磷酸测序（MTPS）方法来询问健康和疾病状态下的肠道微生物组的实用性。我们提出了一个概述，我们的研究表明，这些分子生物学技术的应用，以一个例子疾病状态，如炎症性肠病（IBD）。研究结果表明，存在与健康状态下的管腔微生物组不同的核心粘膜细菌微生物组（即粘膜生物膜），并且粘膜微生物组在IBD中似乎是生态失调的。我们提出粘膜微生物组与宿主免疫系统形成协同和稳定的相互作用，而管腔微生物组根据饮食或其他环境因素而变化。我们将人类微生物组和人类宿主的复合生态系统定义为人类代谢组。
Recent advances in molecular technique have now made it possible to interrogate the human microbiome in depth to better understand the interactions with the host organism and its role in diseases. We now report the utility of using Length Heterogeneity Polymerase Chain Reaction (LH-PCR) to survey samples and a proprietary Multitagged Pyrosequencing (MTPS) methodology to interrogate the gut microbiome in healthy and disease states. We present an overview of our studies demonstrating that the application of these molecular biology techniques to an example disease state such as Inflammatory Bowel Disease (IBD). The findings show that there is a core mucosal bacterial microbiome (i.e. a mucosal biofilm) that is distinct from the luminal microbiome in health and that the mucosal microbiome appears to be dysbiotic in IBD. We propose that the mucosal microbiome forms a synergistic and stable interaction with the host immune system, while the lumen microbiome varies based on diet or other environmental factors. We define this composite ecosystem of the human microbiome and human host as the Human Metabiome.
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Hanauer, SB
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Hanauer, SB
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