In vivo probing of nascent RNA structures reveals principles of cotranscriptional folding.
In vivo probing of nascent RNA structures reveals principles of cotranscriptional folding.
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新生 RNA 结构的活体探测揭示了共转录折叠的原理。
DOI：
10.1093/nar/gkx617
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发表时间：
2017-09-19
影响因子：
14.9
通讯作者：
Oliviero S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Incarnato D;Morandi E;Anselmi F;Simon LM;Basile G;Oliviero S
确定细胞RNA的体内折叠途径对于理解它们如何达到最终的天然构象至关重要。我们在这里介绍了一种新的方法，命名为延长转录本的结构探测（SPET-seq），它允许在转录组范围内对转录中间体的二级结构进行单碱基分辨率分析，从而实现RNA折叠事件的碱基分辨率分析。我们的研究结果表明，在体内的共转录RNA折叠是一个混合的合作折叠事件，其中本地RNA二级结构元件的形成，因为他们得到转录，和非合作事件，其中5′-一半的长距离螺旋被隔离到短暂的非天然相互作用，直到他们的3′对应物已经转录。我们的工作一起提供了第一个转录组规模的概述RNA在活的生物体中的共转录折叠。
Defining the in vivo folding pathway of cellular RNAs is essential to understand how they reach their final native conformation. We here introduce a novel method, named Structural Probing of Elongating Transcripts (SPET-seq), that permits single-base resolution analysis of transcription intermediates’ secondary structures on a transcriptome-wide scale, enabling base-resolution analysis of the RNA folding events. Our results suggest that cotranscriptional RNA folding in vivo is a mixture of cooperative folding events, in which local RNA secondary structure elements are formed as they get transcribed, and non-cooperative events, in which 5′-halves of long-range helices get sequestered into transient non-native interactions until their 3′ counterparts have been transcribed. Together our work provides the first transcriptome-scale overview of RNA cotranscriptional folding in a living organism.
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DOI：
10.1038/nrg3049
发表时间：
2011-08-18
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
6.8
作者：
Lu Z;Chang HY
通讯作者：
Chang HY
影响因子：
6.8
作者：
Treiber, DK;Williamson, JR
通讯作者：
Williamson, JR
影响因子：
3.2
作者：
BARTKUS, JM;TYLER, B;CALVO, JM
通讯作者：
CALVO, JM
DOI：
10.1073/pnas.68.1.6
发表时间：
1971-01-01
影响因子：
11.1
作者：
STONINGT.OG;PETTIJOH.DE
通讯作者：
PETTIJOH.DE