Using Genomics to Shape the Definition of the Agglutinin-Like Sequence (ALS) Family in the Saccharomycetales.
Using Genomics to Shape the Definition of the Agglutinin-Like Sequence (ALS) Family in the Saccharomycetales.
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DOI：
10.3389/fcimb.2021.794529
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发表时间：
2021
影响因子：
5.7
通讯作者：
Hoyer LL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Oh SH;Schliep K;Isenhower A;Rodriguez-Bobadilla R;Vuong VM;Fields CJ;Hernandez AG;Hoyer LL
白色念珠菌凝集素样序列 (ALS) 家族因其对细胞粘附、真菌定植和多种微生物生物膜形成的贡献而受到研究。这项工作的目标是对致病酵母和其他密切相关的物种中的 ALS 基因进行准确的普查和序列，同时探索酵母目中 ALS 家族的界限。生物信息学方法与实验室实验相结合，对来自 8 种真菌物种的 47 个新 ALS 位点进行了表征。 AlphaFold 预测表明，迄今为止报道的所有 Als 蛋白以及酿酒酵母 α-凝集素 (Sag1) 中都存在保守的 N 端粘附结构域 (NT-Als) 结构。 Lodderomyces elongisporus、Meyerozyma guilliermondii 和 Scheffersomyces stipitis 值得注意，因为每个物种都具有具有白色念珠菌 ALS 特征的基因，以及至少一个编码 Sag1 样蛋白的基因。对 ALS 家族和编码其他细胞表面蛋白（如 Iff/Hyr 和 Flo）的基因家族之间重组事件的检测表明，广泛的结构域交换有可能在酵母物种之间创造细胞表面多样性。分析结果还揭示了亚端粒 ALS 基因、ALS 假基因以及酵母菌分泌其自身可溶性粘附抑制剂的潜力。这里提供的信息支持将 SAG1 纳入 ALS 家族，并产生了许多实验假设，以进一步揭示 ALS 家族的本质。
The Candida albicans agglutinin-like sequence (ALS) family is studied because of its contribution to cell adhesion, fungal colonization, and polymicrobial biofilm formation. The goal of this work was to derive an accurate census and sequence for ALS genes in pathogenic yeasts and other closely related species, while probing the boundaries of the ALS family within the Order Saccharomycetales. Bioinformatic methods were combined with laboratory experimentation to characterize 47 novel ALS loci from 8 fungal species. AlphaFold predictions suggested the presence of a conserved N-terminal adhesive domain (NT-Als) structure in all Als proteins reported to date, as well as in S. cerevisiae alpha-agglutinin (Sag1). Lodderomyces elongisporus, Meyerozyma guilliermondii, and Scheffersomyces stipitis were notable because each species had genes with C. albicans ALS features, as well as at least one that encoded a Sag1-like protein. Detection of recombination events between the ALS family and gene families encoding other cell-surface proteins such as Iff/Hyr and Flo suggest widespread domain swapping with the potential to create cell-surface diversity among yeast species. Results from the analysis also revealed subtelomeric ALS genes, ALS pseudogenes, and the potential for yeast species to secrete their own soluble adhesion inhibitors. Information presented here supports the inclusion of SAG1 in the ALS family and yields many experimental hypotheses to pursue to further reveal the nature of the ALS family.
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Torulaspora delbrueckii的生物技术重要性：从默默无闻到聚光灯。
DOI：
10.3390/jof7090712
发表时间：
2021-08-30
期刊：
Journal of fungi (Basel, Switzerland)
影响因子：
--
作者：
Fernandes T;Silva-Sousa F;Pereira F;Rito T;Soares P;Franco-Duarte R;Sousa MJ
通讯作者：
Sousa MJ
影响因子：
3.1
作者：
Bates, Steven;de la Rosa, Jose M.;Odds, Frank C.
通讯作者：
Odds, Frank C.
影响因子：
64.8
作者：
Dujon, B;Sherman, D;Souciet, JL
通讯作者：
Souciet, JL
影响因子：
5.2
作者：
Bertini, Alessia;Zoppo, Marina;Tavanti, Arianna
通讯作者：
Tavanti, Arianna
影响因子：
5.6
作者：
Eisenhaber, B;Schneider, G;Eisenhaber, F
通讯作者：
Eisenhaber, F