Bi-order multimodal integration of single-cell data.
Bi-order multimodal integration of single-cell data.
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DOI：
10.1186/s13059-022-02679-x
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发表时间：
2022-05-09
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
通过不同的单细胞技术从相同的生物样品中产生的单细胞多组学谱的整合仍然具有挑战性。先前基于共享特征的方法仅提供了近似的解决方案。在这里，我们提出了一种新的数学解决方案，称为双阶典型相关分析（bi-CCA），它扩展了广泛使用的CCA方法，迭代对齐数据矩阵之间的行和列。Bi-CCA通常适用于任何两个单小区模态的组合。使用共测定的地面实况数据和应用于CAR-NK研究和胎儿肌肉图谱的验证证明了其在生成准确的多模态共嵌入和发现细胞身份方面的能力。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s13059-022-02679-x获得。
Integration of single-cell multiomics profiles generated by different single-cell technologies from the same biological sample is still challenging. Previous approaches based on shared features have only provided approximate solutions. Here, we present a novel mathematical solution named bi-order canonical correlation analysis (bi-CCA), which extends the widely used CCA approach to iteratively align the rows and the columns between data matrices. Bi-CCA is generally applicable to combinations of any two single-cell modalities. Validations using co-assayed ground truth data and application to a CAR-NK study and a fetal muscle atlas demonstrate its capability in generating accurate multimodal co-embeddings and discovering cellular identity. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-022-02679-x.
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影响因子：
14.9
作者：
Kuleshov MV;Jones MR;Rouillard AD;Fernandez NF;Duan Q;Wang Z;Koplev S;Jenkins SL;Jagodnik KM;Lachmann A;McDermott MG;Monteiro CD;Gundersen GW;Ma'ayan A
通讯作者：
Ma'ayan A
影响因子：
4.3
作者：
Chen H;Lau MC;Wong MT;Newell EW;Poidinger M;Chen J
通讯作者：
Chen J
影响因子：
11.4
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1126/science.aau0730
发表时间：
2018-09-28
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Cao J;Cusanovich DA;Ramani V;Aghamirzaie D;Pliner HA;Hill AJ;Daza RM;McFaline-Figueroa JL;Packer JS;Christiansen L;Steemers FJ;Adey AC;Trapnell C;Shendure J
通讯作者：
Shendure J
DOI：
10.1126/science.1256271
发表时间：
2014-08-22
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Lara-Astiaso D;Weiner A;Lorenzo-Vivas E;Zaretsky I;Jaitin DA;David E;Keren-Shaul H;Mildner A;Winter D;Jung S;Friedman N;Amit I
通讯作者：
Amit I