TreeGrafter: phylogenetic tree-based annotation of proteins with Gene Ontology terms and other annotations.
TreeGrafter: phylogenetic tree-based annotation of proteins with Gene Ontology terms and other annotations.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty625
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发表时间：
2019-02-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Thomas PD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tang H;Finn RD;Thomas PD
TreeGrafter是一种新的软件工具，用于使用预先注释的系统发育树来注释蛋白质序列。目前，该工具提供了基因本体论(GO)术语以及黑豹家族和子家族的注释。该方法可推广到已对参考系统发育树的内部节点进行的任何注释。TreeGrafter获取每个输入的查询蛋白质序列，在预先计算、预先注释的基因树库中找到最匹配的同源家族，然后将其移植到树中的最佳位置。然后，它通过从引用树中的祖先节点传播注释来注释序列。我们表明，TreeGrafter在正确分配子家族成员方面优于子家族HMM评分，并且它基于标注的参考系统发生树生成高度特定的围棋术语标注。这一方法将进一步整合到InterProScan中，实现更广泛的用户社区。TreeGrafter可以在https://github.com/pantherdb/TreeGrafter，上免费获得，包括Docker的图像。补充数据可在生物信息学在线上获得。
TreeGrafter is a new software tool for annotating protein sequences using pre-annotated phylogenetic trees. Currently, the tool provides annotations to Gene Ontology (GO) terms, and PANTHER family and subfamily. The approach is generalizable to any annotations that have been made to internal nodes of a reference phylogenetic tree. TreeGrafter takes each input query protein sequence, finds the best matching homologous family in a library of pre-calculated, pre-annotated gene trees, and then grafts it to the best location in the tree. It then annotates the sequence by propagating annotations from ancestral nodes in the reference tree. We show that TreeGrafter outperforms subfamily HMM scoring for correctly assigning subfamily membership, and that it produces highly specific annotations of GO terms based on annotated reference phylogenetic trees. This method will be further integrated into InterProScan, enabling an even broader user community. TreeGrafter is freely available on the web at https://github.com/pantherdb/TreeGrafter, including as a Docker image. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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DOI：
10.1093/database/bar068
发表时间：
2012
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Burge S;Kelly E;Lonsdale D;Mutowo-Muellenet P;McAnulla C;Mitchell A;Sangrador-Vegas A;Yong SY;Mulder N;Hunter S
通讯作者：
Hunter S
影响因子：
14.9
作者：
Mitchell A;Chang HY;Daugherty L;Fraser M;Hunter S;Lopez R;McAnulla C;McMenamin C;Nuka G;Pesseat S;Sangrador-Vegas A;Scheremetjew M;Rato C;Yong SY;Bateman A;Punta M;Attwood TK;Sigrist CJ;Redaschi N;Rivoire C;Xenarios I;Kahn D;Guyot D;Bork P;Letunic I;Gough J;Oates M;Haft D;Huang H;Natale DA;Wu CH;Orengo C;Sillitoe I;Mi H;Thomas PD;Finn RD
通讯作者：
Finn RD
影响因子：
9.5
作者：
Gaudet P;Livstone MS;Lewis SE;Thomas PD
通讯作者：
Thomas PD
影响因子：
5.8
作者：
Conesa, A;Götz, S;Robles, M
通讯作者：
Robles, M
影响因子：
14.9
作者：
The Gene Ontology Consortium
通讯作者：
The Gene Ontology Consortium