IMGT/3Dstructure-DB and IMGT/DomainGapAlign: a database and a tool for immunoglobulins or antibodies, T cell receptors, MHC, IgSF and MhcSF.
IMGT/3Dstructure-DB and IMGT/DomainGapAlign: a database and a tool for immunoglobulins or antibodies, T cell receptors, MHC, IgSF and MhcSF.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkp946
复制
发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lefranc MP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ehrenmann F;Kaas Q;Lefranc MP
IMGT/3Dstructure-DB是IMGT®的三维（3D）结构数据库，IMGT ®是国际免疫遗传学信息系统®，被公认为免疫遗传学和免疫信息学的全球参考。IMGT/3Dstructure-DB包含免疫球蛋白（IG）或抗体、T细胞受体（TR）、主要组织相容性复合物（MHC）蛋白、抗原受体/抗原复合物的3D结构（IG/Ag，TR/peptide/MHC）;脊椎动物和无脊椎动物免疫系统（RPI）相关蛋白的3D结构，属于免疫球蛋白和MHC超家族（分别为IgSF和MhcSF），并与IG、TR或MHC形成复合物。IMGT/3Dstructure-DB数据根据IMGT标准，使用IMGT/DomainGapAlign，并基于IMGT-本体概念和公理进行注释。IMGT/3Dstructure-DB提供IMGT基因和等位基因鉴定（分类）、区域和结构域界定（描述）、根据IMGT/3Dstructure-DB卡中使用的IMGT唯一编号（编号）的氨基酸位置、接触分析结果和重新编号的平面文件。IMGT/DomainGapAlign工具在其网络版中分析了每个结构域的氨基酸序列。与IMGT/Collier-de-Perles工具相结合，它为基于互补决定区（CDR）移植的抗体工程和人源化设计提供了宝贵的帮助，因为它精确定义了标准化框架区（FR-IMGT）和CDR-IMGT。IMGT/3Dstructure-DB和IMGT/DomainGapAlign可在http://www.imgt.org上免费获得。
IMGT/3Dstructure-DB is the three-dimensional (3D) structure database of IMGT®, the international ImMunoGenetics information system® that is acknowledged as the global reference in immunogenetics and immunoinformatics. IMGT/3Dstructure-DB contains 3D structures of immunoglobulins (IG) or antibodies, T cell receptors (TR), major histocompatibility complex (MHC) proteins, antigen receptor/antigen complexes (IG/Ag, TR/peptide/MHC) of vertebrates; 3D structures of related proteins of the immune system (RPI) of vertebrates and invertebrates, belonging to the immunoglobulin and MHC superfamilies (IgSF and MhcSF, respectively) and found in complexes with IG, TR or MHC. IMGT/3Dstructure-DB data are annotated according to the IMGT criteria, using IMGT/DomainGapAlign, and based on the IMGT-ONTOLOGY concepts and axioms. IMGT/3Dstructure-DB provides IMGT gene and allele identification (CLASSIFICATION), region and domain delimitations (DESCRIPTION), amino acid positions according to the IMGT unique numbering (NUMEROTATION) that are used in IMGT/3Dstructure-DB cards, results of contact analysis and renumbered flat files. In its Web version, the IMGT/DomainGapAlign tool analyses amino acid sequences, per domain. Coupled to the IMGT/Collier-de-Perles tool, it provides an invaluable help for antibody engineering and humanization design based on complementarity determining region (CDR) grafting as it precisely defines the standardized framework regions (FR-IMGT) and CDR-IMGT. IMGT/3Dstructure-DB and IMGT/DomainGapAlign are freely available at http://www.imgt.org.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1093/bfgp/elm032
发表时间：
2007-12-01
期刊：
Briefings in Functional Genomics & Proteomics
影响因子：
--
作者：
Kaas, Quentin;Ehrenmann, Francois;Lefranc, Marie-Paule
通讯作者：
Lefranc, Marie-Paule
影响因子：
3.9
作者：
Duroux, Patrice;Kaas, Quentin;Giudicelli, Veronique
通讯作者：
Giudicelli, Veronique
影响因子：
2.6
作者：
Magdelaine-Beuzelin, Charlotte;Vermeire, Severine;Watier, Herve
通讯作者：
Watier, Herve
影响因子：
2.9
作者：
Lefranc, MP;Pommié, C;Lefranc, G
通讯作者：
Lefranc, G
影响因子：
5.8
作者：
Giudicelli, V;Lefranc, MP
通讯作者：
Lefranc, MP