Cell type-specific genomics of Drosophila neurons.
Cell type-specific genomics of Drosophila neurons.
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DOI：
10.1093/nar/gks671
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发表时间：
2012-10
影响因子：
14.9
通讯作者：
Eddy SR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Henry GL;Davis FP;Picard S;Eddy SR
有许多工具可以用来分析基因组，但在特定细胞类型的情况下使用往往具有挑战性。我们开发了一种类似于在特定细胞类型(完整)技术中标记的核的分离方法[Deal，R.B.和Henikoff，S.(2010)一种简单的方法，用于组织内单个细胞类型的基因表达和染色质图谱。戴夫。细胞，18,1030-1040；Steiner，F.A.，Talbert，P.B.，Kasinathan，S.，Deal，R.B.和Henikoff，S.(2012)从整个动物中提纯特定细胞类型的核，用于全基因组表达和染色质分析。基因组研究，DOI：10.1101/gr.131748.111]，最初在植物中开发，用于果蝇神经元。我们描述了成人大脑中凯尼恩细胞和章鱼胺能神经元的基因表达和组蛋白修饰。除了恢复已知的基因表达差异，我们还观察到显著的细胞类型特异性染色质修饰。特别是，一小部分差异表达的基因在抑制性和激活性组蛋白修饰之间表现出显著的反相关性。这些基因丰富了转录因子，恢复了那些已知的调节蘑菇体特征的基因，并预测了八胺能神经元的类似调节因子。我们的结果表明，将完整的应用于特定的神经细胞群体可以阐明支撑神经细胞身份的转录调控网络。
Many tools are available to analyse genomes but are often challenging to use in a cell type–specific context. We have developed a method similar to the isolation of nuclei tagged in a specific cell type (INTACT) technique [Deal,R.B. and Henikoff,S. (2010) A simple method for gene expression and chromatin profiling of individual cell types within a tissue. Dev. Cell, 18, 1030–1040; Steiner,F.A., Talbert,P.B., Kasinathan,S., Deal,R.B. and Henikoff,S. (2012) Cell-type-specific nuclei purification from whole animals for genome-wide expression and chromatin profiling. Genome Res., doi:10.1101/gr.131748.111], first developed in plants, for use in Drosophila neurons. We profile gene expression and histone modifications in Kenyon cells and octopaminergic neurons in the adult brain. In addition to recovering known gene expression differences, we also observe significant cell type–specific chromatin modifications. In particular, a small subset of differentially expressed genes exhibits a striking anti-correlation between repressive and activating histone modifications. These genes are enriched for transcription factors, recovering those known to regulate mushroom body identity and predicting analogous regulators of octopaminergic neurons. Our results suggest that applying INTACT to specific neuronal populations can illuminate the transcriptional regulatory networks that underlie neuronal cell identity.
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影响因子：
2.5
作者：
Busch, Sebastian;Selcho, Mareike;Tanimoto, Hiromu
通讯作者：
Tanimoto, Hiromu
影响因子：
2.5
作者：
Busch, Sebastian;Tanimoto, Hiromu
通讯作者：
Tanimoto, Hiromu
影响因子：
11.8
作者：
Deal, Roger B.;Henikoff, Steven
通讯作者：
Henikoff, Steven
影响因子：
11.8
作者：
Akkers, Robert C.;van Heeringen, Simon J.;Jacobi, Ulrike G.;Janssen-Megens, Eva M.;Francoijs, Kees-Jan;Stunnenberg, Hendrik G.;Veenstra, Gert Jan C.
通讯作者：
Veenstra, Gert Jan C.
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5.8
作者：
Anders, Simon
通讯作者：
Anders, Simon