ModBase, a database of annotated comparative protein structure models and associated resources.
ModBase, a database of annotated comparative protein structure models and associated resources.
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DOI：
10.1093/nar/gkt1144
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发表时间：
2014-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sali A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pieper U;Webb BM;Dong GQ;Schneidman-Duhovny D;Fan H;Kim SJ;Khuri N;Spill YG;Weinkam P;Hammel M;Tainer JA;Nilges M;Sali A
ModBase（http：//salilab.org/modbase）是注释的比较蛋白质结构模型的数据库。模型由ModPipe计算，ModPipe是一种自动建模管道，主要依赖于Modeller进行折叠分配、序列结构比对、模型构建和模型评估（http：//salilab.org/modeller/）。ModBase目前包含近3000万个可靠的模型，用于470万个独特蛋白质序列中的结构域。ModBase允许用户通过ModWeb建模服务器（http：//salilab.org/modweb）的接口按需计算或更新比较模型。ModBase模型也可通过Protein Model Portal（http：//www.proteinmodelportal.org/）获得。最近开发的相关资源包括用于对配体诱导的蛋白质动力学进行建模的AllosMod服务器（http：//salilab.org/allosmod-foxs）、用于预测符合SAXS谱的结构系综的AllosMod-FoXS服务器（http：//salilab.org/allosmod-foxs）、用于通过SAXS谱过滤的蛋白质-蛋白质对接的FoXSDock服务器（http：//salilab.org/foxsdock）、用于自动合并SAXS谱的SAXS Merge服务器（http：//salilab.org/saxsmark）以及用于对蛋白质-配体复合物进行评分的Pose & Rank服务器（http：//salilab.org/poseandrank）。在本次更新中，我们还强调了ModBase的两个应用：PSI：生物学计划，以最大限度地提高人类α-螺旋跨膜蛋白质组的结构覆盖率，并确定人类免疫缺陷病毒-1蛋白酶特异性的结构决定因素。
ModBase (http://salilab.org/modbase) is a database of annotated comparative protein structure models. The models are calculated by ModPipe, an automated modeling pipeline that relies primarily on Modeller for fold assignment, sequence-structure alignment, model building and model assessment (http://salilab.org/modeller/). ModBase currently contains almost 30 million reliable models for domains in 4.7 million unique protein sequences. ModBase allows users to compute or update comparative models on demand, through an interface to the ModWeb modeling server (http://salilab.org/modweb). ModBase models are also available through the Protein Model Portal (http://www.proteinmodelportal.org/). Recently developed associated resources include the AllosMod server for modeling ligand-induced protein dynamics (http://salilab.org/allosmod), the AllosMod-FoXS server for predicting a structural ensemble that fits an SAXS profile (http://salilab.org/allosmod-foxs), the FoXSDock server for protein–protein docking filtered by an SAXS profile (http://salilab.org/foxsdock), the SAXS Merge server for automatic merging of SAXS profiles (http://salilab.org/saxsmerge) and the Pose & Rank server for scoring protein–ligand complexes (http://salilab.org/poseandrank). In this update, we also highlight two applications of ModBase: a PSI:Biology initiative to maximize the structural coverage of the human alpha-helical transmembrane proteome and a determination of structural determinants of human immunodeficiency virus-1 protease specificity.
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影响因子：
14.9
作者：
Eswar, N;John, B;Sali, A
通讯作者：
Sali, A
DOI：
10.1007/978-1-60761-842-3_6
发表时间：
2010
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Fiser A
通讯作者：
Fiser A
影响因子：
5.6
作者：
Fan H;Schneidman-Duhovny D;Irwin JJ;Dong G;Shoichet BK;Sali A
通讯作者：
Sali A
影响因子：
3.4
作者：
Daga PR;Patel RY;Doerksen RJ
通讯作者：
Doerksen RJ
DOI：
10.1007/s10969-011-9100-8
发表时间：
2011-07-01
期刊：
Journal of Structural and Functional Genomics
影响因子：
--
作者：
Cormier, Catherine Y.;Park, Jin G.;LaBaer, Joshua
通讯作者：
LaBaer, Joshua