miCLIP-MaPseq, a Substrate Identification Approach for Radical SAM RNA Methylating Enzymes.
miCLIP-MaPseq, a Substrate Identification Approach for Radical SAM RNA Methylating Enzymes.
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DOI：
10.1021/jacs.8b02618
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发表时间：
2018-06-13
影响因子：
15
通讯作者：
Fujimori DG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stojković V;Chu T;Therizols G;Weinberg DE;Fujimori DG
虽然存在于细菌中，但自由基SAM RNA甲基化酶的大家族在很大程度上是未表征的。大肠杆菌RlmN，该家族的创始成员，甲基化23 S rRNA和几种tRNA中的腺苷以产生2-甲基腺苷（m2 A）。然而，RlmN酶之间不同的RNA底物特异性，结合某些家族成员产生8-甲基腺苷（m8 A）的能力，使得跨该家族的功能预测具有挑战性。在这里，我们提出了一种无偏见的基板识别，利用高效，基于机制的交联酶和它的RNA底物之间的方法。此外，通过确定热稳定的II组内含子逆转录酶在交联位点引入错配，我们已经确定了使用错配分析的RNA修饰的精确位置。这些结果说明了我们的方法来定义酶-底物对，并确定基本上未表征的自由基SAM RNA甲基化酶家族的修饰位点的能力。
Although present across bacteria, the large family of radical SAM RNA methylating enzymes is largely uncharacterized. Escherichia coli RlmN, the founding member of the family, methylates an adenosine in 23S rRNA and several tRNAs to yield 2-methyladenosine (m2A). However, varied RNA substrate specificity among RlmN enzymes, combined with the ability of certain family members to generate 8-methyladenosine (m8A), makes functional predictions across this family challenging. Here, we present a method for unbiased substrate identification that exploits highly efficient, mechanism-based cross-linking between the enzyme and its RNA substrates. Additionally, by determining that the thermostable group II intron reverse transcriptase introduces mismatches at the site of the cross-link, we have identified the precise positions of RNA modification using mismatch profiling. These results illustrate the capability of our method to define enzyme–substrate pairs and determine modification sites of the largely uncharacterized radical SAM RNA methylating enzyme family.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
自由基 SAM 酶进行甲基转移的结构基础。
DOI：
10.1126/science.1205358
发表时间：
2011-05-27
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Boal AK;Grove TL;McLaughlin MI;Yennawar NH;Booker SJ;Rosenzweig AC
通讯作者：
Rosenzweig AC
DOI：
10.1016/j.bbapap.2015.04.015
发表时间：
2015-08
影响因子：
3.2
作者：
Gerlt, John A.;Bouvier, Jason T.;Davidson, Daniel B.;Imker, Heidi J.;Sadkhin, Boris;Slater, David R.;Whalen, Katie L.
通讯作者：
Whalen, Katie L.
影响因子：
8.8
作者：
Hussain S;Sajini AA;Blanco S;Dietmann S;Lombard P;Sugimoto Y;Paramor M;Gleeson JG;Odom DT;Ule J;Frye M
通讯作者：
Frye M
影响因子：
16.8
作者：
通讯作者：
--