IntegromeDB: an integrated system and biological search engine.
IntegromeDB: an integrated system and biological search engine.
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DOI：
10.1186/1471-2164-13-35
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发表时间：
2012-01-19
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Ponomarenko J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Baitaluk M;Kozhenkov S;Dubinina Y;Ponomarenko J
随着生物学数据量和异构性的增长，网络搜索引擎成为研究人员的重要工具。然而，通用搜索引擎并不专门用于搜索生物数据。在这里，我们提出了一种方法，在开发一个基于语义Web技术的生物网络搜索引擎，并展示其实现检索基因和蛋白质为中心的知识。该引擎可在http://www.integromedb.org上获得。IntegromeDB搜索引擎允许扫描关于基因调控、基因表达、蛋白质-蛋白质相互作用、途径、宏基因组学、突变、疾病的数据，以及使用生物本体从公开数据库和网页自动检索的其他基因和蛋白质相关数据。为了完善资源设计和可用性，我们欢迎并鼓励社区反馈。
With the growth of biological data in volume and heterogeneity, web search engines become key tools for researchers. However, general-purpose search engines are not specialized for the search of biological data. Here, we present an approach at developing a biological web search engine based on the Semantic Web technologies and demonstrate its implementation for retrieving gene- and protein-centered knowledge. The engine is available at http://www.integromedb.org. The IntegromeDB search engine allows scanning data on gene regulation, gene expression, protein-protein interactions, pathways, metagenomics, mutations, diseases, and other gene- and protein-related data that are automatically retrieved from publicly available databases and web pages using biological ontologies. To perfect the resource design and usability, we welcome and encourage community feedback.
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影响因子：
14.9
作者：
Benson DA;Karsch-Mizrachi I;Lipman DJ;Ostell J;Sayers EW
通讯作者：
Sayers EW
影响因子：
14.9
作者：
Blake JA;Bult CJ;Kadin JA;Richardson JE;Eppig JT;Mouse Genome Database Group
通讯作者：
Mouse Genome Database Group
影响因子：
14.9
作者：
Kozomara A;Griffiths-Jones S
通讯作者：
Griffiths-Jones S
影响因子：
14.9
作者：
Blake A;Pickford K;Greenaway S;Thomas S;Pickard A;Williamson CM;Adams NC;Walling A;Beck T;Fray M;Peters J;Weaver T;Brown SD;Hancock JM;Mallon AM
通讯作者：
Mallon AM
影响因子：
3
作者：
Gupta, Amarnath;Bug, William;Marenco, Luis;Qian, Xufei;Condit, Christopher;Rangarajan, Arun;Mueller, Hans Michael;Miller, Perry L.;Sanders, Brian;Grethe, Jeffrey S.;Astakhov, Vadim;Shepherd, Gordon;Sternberg, Paul W.;Martone, Maryann E.
通讯作者：
Martone, Maryann E.