Gramene database in 2010: updates and extensions.
Gramene database in 2010: updates and extensions.
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DOI：
10.1093/nar/gkq1148
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Ware D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Youens-Clark K;Buckler E;Casstevens T;Chen C;Declerck G;Derwent P;Dharmawardhana P;Jaiswal P;Kersey P;Karthikeyan AS;Lu J;McCouch SR;Ren L;Spooner W;Stein JC;Thomason J;Wei S;Ware D
如今，Gramene 数据库 (http://www.gramene.org) 已进入第十个年头，它已从主要关注水稻（第一个完全测序的禾本科植物基因组）发展成为主要模式植物和农作物的资源，其中包括拟南芥、短柄草、玉米、高粱、杨树和葡萄以及多种水稻。 Gramene 始于添加 Ensembl 基因组浏览器，并在过去十年中不断扩展，成为植物基因组学的强大资源，托管广泛的数据集，包括数量性状位点 (QTL)、代谢途径、遗传多样性、基因、蛋白质、种质、文献、本体论以及与基因组浏览器和来自不同领域的图谱集成的完全结构化的标记和序列数据库。 已发表的研究（遗传、物理、垃圾箱等）。此外，Gramene 现在托管各种 Web 服务，包括分布式注释服务器 (DAS)、BLAST 和公共 MySQL 数据库。 Gramene 每年两次发布数据库的主要版本，并发布临时版本以纠正错误或对软件和/或数据进行重要更新。
Now in its 10th year, the Gramene database (http://www.gramene.org) has grown from its primary focus on rice, the first fully-sequenced grass genome, to become a resource for major model and crop plants including Arabidopsis, Brachypodium, maize, sorghum, poplar and grape in addition to several species of rice. Gramene began with the addition of an Ensembl genome browser and has expanded in the last decade to become a robust resource for plant genomics hosting a wide array of data sets including quantitative trait loci (QTL), metabolic pathways, genetic diversity, genes, proteins, germplasm, literature, ontologies and a fully-structured markers and sequences database integrated with genome browsers and maps from various published studies (genetic, physical, bin, etc.). In addition, Gramene now hosts a variety of web services including a Distributed Annotation Server (DAS), BLAST and a public MySQL database. Twice a year, Gramene releases a major build of the database and makes interim releases to correct errors or to make important updates to software and/or data.
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