Genome-guided discovery of diverse natural products from Burkholderia sp.
Genome-guided discovery of diverse natural products from Burkholderia sp.
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基因组引导的发现来自Burkholderia sp。
DOI：
10.1007/s10295-013-1376-1
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发表时间：
2014-02
影响因子：
3.4
通讯作者：
Cheng, Yi-Qiang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu, Xiangyang;Cheng, Yi-Qiang
伯克霍尔德杆菌物种已成为多种天然产品的新来源。这篇简短的评论涵盖了近年来从伯克霍尔德氏菌中发现的所有天然产品。通过基因组引导的方法——这些方法是指使用细菌基因组序列作为计算机结构预测、湿实验室实验设计和执行的切入点。虽然由于推导的生物合成途径的非规范域和/或模块组织，基于隐秘生物合成基因簇序列的可靠结构预测并不总是可能的，但通常采用分子遗传学方法来检测或改变基因簇的表达水平以实现可观察的表型，这有利于下游天然产物的纯化和鉴定。这些从伯克霍尔德氏菌中发现天然产物的例子。为未来探索革兰氏阴性菌作为天然产物的新来源提供实用指导。
Burkholderia species have emerged as a new source of diverse natural products. This mini-review covers all natural products discovered in recent years from Burkholderia sp. by genome-guided approaches – these refer to the use of bacterial genome sequence as an entry point for in silico structural prediction, wet lab experimental design and execution. While reliable structural prediction based on cryptic biosynthetic gene cluster sequence was not always possible due to noncanonical domains and/or module organization of a deduced biosynthetic pathway, a molecular genetic method was often employed to detect or alter the expression level of the gene cluster to achieve an observable phenotype, which facilitated downstream natural product purification and identification. Those examples of natural product discovery from Burkholderia sp. provide a practical guidance for future exploration of Gram-negative bacteria as a new source of natural products.
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