MPIDB: the microbial protein interaction database.
MPIDB: the microbial protein interaction database.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btn285
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发表时间：
2008-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Uetz P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Goll J;Rajagopala SV;Shiau SC;Wu H;Lamb BT;Uetz P
摘要：微生物蛋白质相互作用数据库(MPIDB)旨在收集和提供所有已知的物理微生物相互作用。目前，可以浏览和下载191个细菌物种/菌株的22 530个实验确定的蛋白质之间的相互作用。这些微生物相互作用已从文献中手动整理或从其他数据库(完整、DIP、绑定、薄荷)中导入，并链接到24060个实验证据(PubMed ID、PSI-MI方法)。与这些数据库相比，MPIDB中的相互作用得到了8150个基于相互作用守恒、共纯化和3D结构域接触的额外证据的进一步支持(IPfam，3DID)。上市时间：http://www.jcvi.org/mpidb/联系方式：jGoll@jcvi.org
Summary: The microbial protein interaction database (MPIDB) aims to collect and provide all known physical microbial interactions. Currently, 22 530 experimentally determined interactions among proteins of 191 bacterial species/strains can be browsed and downloaded. These microbial interactions have been manually curated from the literature or imported from other databases (IntAct, DIP, BIND, MINT) and are linked to 24 060 experimental evidences (PubMed ID, PSI-MI methods). In contrast to these databases, interactions in MPIDB are further supported by 8150 additional evidences based on interaction conservation, co-purification and 3D domain contacts (iPfam, 3did). Availability: http://www.jcvi.org/mpidb/ Contact: jgoll@jcvi.org
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