SBMLDiagrams: a python package to process and visualize SBML layout and render.
SBMLDiagrams: a python package to process and visualize SBML layout and render.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btac730
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发表时间：
2023-01-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Sauro, Herbert M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu, Jin;Jiang, Jessie;Sauro, Herbert M.
系统生物学标记语言（SBML）是一种用于交换生化模型的可扩展标准格式。 SBML 的扩展之一是 SBML 布局和渲染包。这使得建模者可以将生化模型描述为路径图。然而，到目前为止，还没有什么支持可以帮助用户轻松地从 SBML 添加和检索此类信息。在本应用笔记中，我们描述了一个名为 SBMLDiagrams 的新 Python 包。该包允许用户添加布局并呈现信息或使用简单的 Python API 检索它。该包使用skia-python来支持图表的渲染，允许导出为常见格式，例如PNG或PDF。 SBMLDiagrams 是公开可用的，并根据自由的 MIT 开源许可证获得许可。该软件包适用于所有主要平台。源代码已存放在 GitHub (github.com/sys-bio/SBMLDiagrams)。用户可以使用标准 pip 安装机制来安装该软件包：pip install SBMLDiagrams。 补充数据可在生物信息学在线获取。
The systems biology markup language (SBML) is an extensible standard format for exchanging biochemical models. One of the extensions for SBML is the SBML Layout and Render package. This allows modelers to describe a biochemical model as a pathway diagram. However, up to now, there has been little support to help users easily add and retrieve such information from SBML. In this application note, we describe a new Python package called SBMLDiagrams. This package allows a user to add a layout and render information or retrieve it using a straightforward Python API. The package uses skia-python to support the rendering of the diagrams, allowing export to commons formats such as PNG or PDF. SBMLDiagrams is publicly available and licensed under the liberal MIT open-source license. The package is available for all major platforms. The source code has been deposited at GitHub (github.com/sys-bio/SBMLDiagrams). Users can install the package using the standard pip installation mechanism: pip install SBMLDiagrams. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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