JaponicusDB: rapid deployment of a model organism database for an emerging model species.
JaponicusDB: rapid deployment of a model organism database for an emerging model species.
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DOI：
10.1093/genetics/iyab223
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发表时间：
2022-04-04
期刊：
影响因子：
3.3
通讯作者：
Wood, Valerie
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rutherford, Kim M.;Harris, Midori A.;Oliferenko, Snezhana;Wood, Valerie
分裂酵母日本裂糖酵母（Schizosaccharomyces japonicus）最近成为研究基本细胞过程进化的一个强大系统，利用了日本裂糖酵母（s.japonicus）与相关的已建立的模式pombe裂糖酵母（Schizosaccharomyces pombe）之间的相似性和关键差异。我们已经部署了最初为PomBase开发的开源模块化代码和工具，S. pombe模型生物数据库（MOD），以创建JaponicusDB (www.japonicusdb.org)，这是一个专门用于S. japonicus的新MOD。通过提供一个中央资源，随时可以访问不断增长的实验数据，基于本体的管理，无缝浏览和查询，以及将新数据与现有知识集成的能力，JaponicusDB对裂变酵母生物学家的支持远远超过任何其他来源的s.a japonicus数据。因此，JaponicusDB使日本血吸虫研究人员能够充分发挥研究新出现的模式物种的潜力，并说明利用可重用的PomBase代码构建一个全面的、社区可维护的物种相关知识库的广泛应用能力和实用性。
The fission yeast Schizosaccharomyces japonicus has recently emerged as a powerful system for studying the evolution of essential cellular processes, drawing on similarities as well as key differences between S. japonicus and the related, well-established model Schizosaccharomyces pombe. We have deployed the open-source, modular code and tools originally developed for PomBase, the S. pombe model organism database (MOD), to create JaponicusDB (www.japonicusdb.org), a new MOD dedicated to S. japonicus. By providing a central resource with ready access to a growing body of experimental data, ontology-based curation, seamless browsing and querying, and the ability to integrate new data with existing knowledge, JaponicusDB supports fission yeast biologists to a far greater extent than any other source of S. japonicus data. JaponicusDB thus enables S. japonicus researchers to realize the full potential of studying a newly emerging model species and illustrates the widely applicable power and utility of harnessing reusable PomBase code to build a comprehensive, community-maintainable repository of species-relevant knowledge.
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影响因子：
14.9
作者：
Harrison PW;Ahamed A;Aslam R;Alako BTF;Burgin J;Buso N;Courtot M;Fan J;Gupta D;Haseeb M;Holt S;Ibrahim T;Ivanov E;Jayathilaka S;Balavenkataraman Kadhirvelu V;Kumar M;Lopez R;Kay S;Leinonen R;Liu X;O'Cathail C;Pakseresht A;Park Y;Pesant S;Rahman N;Rajan J;Sokolov A;Vijayaraja S;Waheed Z;Zyoud A;Burdett T;Cochrane G
通讯作者：
Cochrane G
影响因子：
14.9
作者：
Blum M;Chang HY;Chuguransky S;Grego T;Kandasaamy S;Mitchell A;Nuka G;Paysan-Lafosse T;Qureshi M;Raj S;Richardson L;Salazar GA;Williams L;Bork P;Bridge A;Gough J;Haft DH;Letunic I;Marchler-Bauer A;Mi H;Natale DA;Necci M;Orengo CA;Pandurangan AP;Rivoire C;Sigrist CJA;Sillitoe I;Thanki N;Thomas PD;Tosatto SCE;Wu CH;Bateman A;Finn RD
通讯作者：
Finn RD
影响因子：
14.9
作者：
Gene Ontology Consortium
通讯作者：
Gene Ontology Consortium
影响因子：
12.3
作者：
Buels R;Yao E;Diesh CM;Hayes RD;Munoz-Torres M;Helt G;Goodstein DM;Elsik CG;Lewis SE;Stein L;Holmes IH
通讯作者：
Holmes IH
DOI：
10.3390/jof4010039
发表时间：
2018-03-20
期刊：
Journal of fungi (Basel, Switzerland)
影响因子：
--
作者：
Basenko EY;Pulman JA;Shanmugasundram A;Harb OS;Crouch K;Starns D;Warrenfeltz S;Aurrecoechea C;Stoeckert CJ Jr;Kissinger JC;Roos DS;Hertz-Fowler C
通讯作者：
Hertz-Fowler C