Structural Dynamics in Ras and Related Proteins upon Nucleotide Switching.
Structural Dynamics in Ras and Related Proteins upon Nucleotide Switching.
复制标题
DOI：
10.1016/j.jmb.2016.10.017
复制
发表时间：
2016-11-20
影响因子：
5.6
通讯作者：
Engen JR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Harrison RA;Lu J;Carrasco M;Hunter J;Manandhar A;Gondi S;Westover KD;Engen JR
Ras 蛋白的结构动力学有助于其在信号转导级联中的活性。用小分子直接靶向 Ras 蛋白可能依赖于保守结构基序开关 II 的运动。为了了解 Ras 信号传导并推进 Ras 靶向策略，需要测量 Ras 动态的实验方法。在这里，我们通过研究 Ras 超家族两个分支 Ras 和 Rho 的代表，展示了氢-氘交换质谱法在测量 Ras 动力学方面的实用性。活性（GMPPNP 结合）和非活性（GDP 结合）蛋白质之间差异氘交换的比较揭示了家族之间的差异，其中最显着的差异发生在磷酸盐结合环和开关 II 中。 P 环交换特征与在专注于测量主链运动的分子动力学模拟中观察到的开关 II 动力学相关。氢-氘交换提供了一种评估 Ras 蛋白动力学的方法，这可能有助于理解 Ras 信号传导机制，包括病理突变体的激活信号传导，以及依赖于蛋白质动力学的靶向策略。
Structural dynamics of Ras proteins contribute to their activity in signal transduction cascades. Directly targeting Ras proteins with small molecules may rely on movement of a conserved structural motif, switch II. To understand Ras signaling and advance Ras targeting strategies, experimental methods to measure Ras dynamics are required. Here we demonstrate the utility of hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry to measure Ras dynamics by studying representatives from two branches of the Ras superfamily, Ras and Rho. A comparison of differential deuterium exchange between active (GMPPNP-bound) and inactive (GDP-bound) proteins revealed differences between the families, with the most notable differences occurring in the phosphate-binding loop and switch II. The P-loop exchange signature correlated with switch II dynamics observed in molecular dynamics simulations focused on measuring main chain movement. Hydrogen-deuterium exchange provides a means of evaluating Ras protein dynamics which may be useful for understanding mechanisms of Ras signaling, including activated signaling of pathologic mutants, and for targeting strategies that rely on protein dynamics.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Goujon M;McWilliam H;Li W;Valentin F;Squizzato S;Paern J;Lopez R
通讯作者：
Lopez R
影响因子：
6.1
作者：
JACKSON, RC;BORITZKI, TJ;WEBER, G
通讯作者：
WEBER, G
影响因子：
14.9
作者：
Dereeper A;Guignon V;Blanc G;Audic S;Buffet S;Chevenet F;Dufayard JF;Guindon S;Lefort V;Lescot M;Claverie JM;Gascuel O
通讯作者：
Gascuel O
影响因子：
4.8
作者：
Herrmann, C;Horn, G;Wittinghofer, A
通讯作者：
Wittinghofer, A
DOI：
10.1016/0378-4347(92)80222-c
发表时间：
1992-07-01
期刊：
JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY-BIOMEDICAL APPLICATIONS
影响因子：
--
作者：
FURST, W;HALLSTROM, S
通讯作者：
HALLSTROM, S