lncHUB2: aggregated and inferred knowledge about human and mouse lncRNAs.
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DOI：
10.1093/database/baad009
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发表时间：
2023-03-04
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中科院分区：
文献类型：
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作者：
长链非编码核糖核酸（lncRNA）是非编码RNA中最大的一类。然而，对其功能和调节的了解有限。lncHUB 2是一个网络服务器数据库，提供关于18 705个人类和11 274个小鼠lncRNA功能的已知和推断知识。lncHUB 2生成的报告包含lncRNA的二级结构折叠、相关出版物、最相关的编码基因、最相关的lncRNA、可视化最相关基因的网络、预测的小鼠表型、预测的生物过程和途径中的成员、预测的上游转录因子调节因子和预测的疾病关联。此外，这些报告还包括亚细胞定位信息;跨组织，细胞类型和细胞系的表达，以及预测的小分子和CRISPR敲除（CRISPR-KO）基因，根据其上调或下调lncRNA表达的可能性进行优先排序。总体而言，lncHUB 2是一个关于人类和小鼠lncRNA的丰富信息的数据库，因此它可以促进许多未来研究的假设生成。lncHUB 2数据库可在https://maayanlab.cloud/lncHUB2上获得。 数据库URL：https://maayanlab.cloud/lncHUB2
Long non-coding ribonucleic acids (lncRNAs) account for the largest group of non-coding RNAs. However, knowledge about their function and regulation is limited. lncHUB2 is a web server database that provides known and inferred knowledge about the function of 18 705 human and 11 274 mouse lncRNAs. lncHUB2 produces reports that contain the secondary structure fold of the lncRNA, related publications, the most correlated coding genes, the most correlated lncRNAs, a network that visualizes the most correlated genes, predicted mouse phenotypes, predicted membership in biological processes and pathways, predicted upstream transcription factor regulators, and predicted disease associations. In addition, the reports include subcellular localization information; expression across tissues, cell types, and cell lines, and predicted small molecules and CRISPR knockout (CRISPR-KO) genes prioritized based on their likelihood to up- or downregulate the expression of the lncRNA. Overall, lncHUB2 is a database with rich information about human and mouse lncRNAs and as such it can facilitate hypothesis generation for many future studies. The lncHUB2 database is available at https://maayanlab.cloud/lncHUB2. Database URL: https://maayanlab.cloud/lncHUB2
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