Phylogenetic estimates of SARS-CoV-2 introductions into Washington State.
Phylogenetic estimates of SARS-CoV-2 introductions into Washington State.
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DOI：
10.1016/j.lana.2021.100018
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发表时间：
2021-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Herbeck JT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tordoff DM;Greninger AL;Roychoudhury P;Shrestha L;Xie H;Jerome KR;Breit N;Huang ML;Famulare M;Herbeck JT
2020年1月21日，华盛顿州发现了北美首例SARS-CoV-2确诊病例。我们的目的是量化州外传入华盛顿的SARS-CoV-2的数量和时间趋势。我们对2019年12月至2020年9月期间从GISAID采样的11，422个公开可用的全基因组SARS-CoV-2序列进行了分子流行病学分析。我们使用最大简约祖先状态重建方法对时间校准的遗传学，列举引进/出口，他们可能的地理来源（美国，非美国，东部和西部之间的华盛顿），并估计引进日期。为了将系统发育不确定性纳入我们的估计，我们通过生成25个随机时间分层的非华盛顿参考序列样本、20个随机多分割分辨率和10个重建祖先状态的随机分辨率进行了5,000次重复分析。我们估计至少有287个引入（范围244-320）到华盛顿和204个输出谱系（范围188-227）的SARS-CoV-2的华盛顿。介绍开始于1月中旬，并于2020年3月29日达到顶峰。具有Spike D 614 G变体的谱系占引入的大多数（88%）。总体而言，华盛顿的61%（范围55-65%）可能来自美国其他地方，而其余39%（范围35-45%）可能来自美国以外。州内传播分别占华盛顿东部和西部的65%和28%。华盛顿的SARS-CoV-2疫情是由大量的引进不断播种的。我们的研究结果强调了基因组监测的重要性，以监测由于SARS-CoV-2的高水平州际和州内传播而出现的变异。没有。
The first confirmed case of SARS-CoV-2 in North America was identified in Washington state on January 21, 2020. We aimed to quantify the number and temporal trends of out-of-state introductions of SARS-CoV-2 into Washington. We conducted a molecular epidemiologic analysis of 11,422 publicly available whole genome SARS-CoV-2 sequences from GISAID sampled between December 2019 and September 2020. We used maximum parsimony ancestral state reconstruction methods on time-calibrated phylogenies to enumerate introductions/exports, their likely geographic source (US, non-US, and between eastern and western Washington), and estimated date of introduction. To incorporate phylogenetic uncertainty into our estimates, we conducted 5,000 replicate analyses by generating 25 random time-stratified samples of non-Washington reference sequences, 20 random polytomy resolutions, and 10 random resolutions of the reconstructed ancestral state. We estimated a minimum 287 introductions (range 244-320) into Washington and 204 exported lineages (range 188-227) of SARS-CoV-2 out of Washington. Introductions began in mid-January and peaked on March 29, 2020. Lineages with the Spike D614G variant accounted for the majority (88%) of introductions. Overall, 61% (range 55-65%) of introductions into Washington likely originated from a source elsewhere within the US, while the remaining 39% (range 35-45%) likely originated from outside of the US. Intra-state transmission accounted for 65% and 28% of introductions into eastern and western Washington, respectively. The SARS-CoV-2 epidemic in Washington was continually seeded by a large number of introductions. Our findings highlight the importance of genomic surveillance to monitor for emerging variants due to high levels of inter- and intra-state transmission of SARS-CoV-2. None.
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影响因子：
64.5
作者：
Fauver, Joseph R.;Petrone, Mary E.;Grubaugh, Nathan D.
通讯作者：
Grubaugh, Nathan D.
DOI：
10.1073/pnas.2017726117
发表时间：
2020-10-06
影响因子：
11.1
作者：
Rausch JW;Capoferri AA;Katusiime MG;Patro SC;Kearney MF
通讯作者：
Kearney MF
影响因子：
56.9
作者：
Gonzalez-Reiche, Ana S.;Hernandez, Matthew M.;van Bakel, Harm
通讯作者：
van Bakel, Harm
影响因子：
56.9
作者：
Deng, Xianding;Gu, Wei;Chiu, Charles Y.
通讯作者：
Chiu, Charles Y.
影响因子：
10.7
作者：
Katoh K;Standley DM
通讯作者：
Standley DM