Proteomics for Low Cell Numbers: How to Optimize the Sample Preparation Workflow for Mass Spectrometry Analysis.
Proteomics for Low Cell Numbers: How to Optimize the Sample Preparation Workflow for Mass Spectrometry Analysis.
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DOI：
10.1021/acs.jproteome.1c00321
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发表时间：
2021-09-03
影响因子：
4.4
通讯作者：
Díez P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kassem S;van der Pan K;de Jager AL;Naber BAE;de Laat IF;Louis A;van Dongen JJM;Teodosio C;Díez P
如今，可以在单细胞水平上生成大量基因组学和转录组学数据。然而，这种情况下的蛋白质组学仍然是一个巨大的挑战。尽管质谱仪器的灵敏度和性能有了很大的提高，并且对样品制备处理有了更好的了解，但人们普遍认为，多步骤蛋白质组学工作流程可能会导致大量样品损失，特别是在处理稀有细胞样品时。尽管如此，在临床领域，可用于下游分析的样品量通常有限，从而阻碍了蛋白质水平的全面表征。为了实现更好的蛋白质和肽回收率，我们比较了用于质谱研究的多步样品制备方案中的现有方法和新方法，从样品收集、细胞裂解、蛋白质定量、电泳/染色到蛋白质消化、肽回收和 LC-MS/MS 仪器。从这一批判性评估中，我们得出的结论是，最近的创新和技术，加上样品的高质量管理，使得少细胞样品的蛋白质组学成为可能，这将对蛋白质组学界产生直接影响。
Nowadays, massive genomics and transcriptomics data can be generated at the single-cell level. However, proteomics in this setting is still a big challenge. Despite the great improvements in sensitivity and performance of mass spectrometry instruments and the better knowledge on sample preparation processing, it is widely acknowledged that multistep proteomics workflows may lead to substantial sample loss, especially when working with paucicellular samples. Still, in clinical fields, frequently limited sample amounts are available for downstream analysis, thereby hampering comprehensive characterization at protein level. To aim at better protein and peptide recoveries, we compare existing and novel approaches in the multistep sample preparation protocols for mass spectrometry studies, from sample collection, cell lysis, protein quantification, and electrophoresis/staining to protein digestion, peptide recovery, and LC-MS/MS instruments. From this critical evaluation, we conclude that the recent innovations and technologies, together with high quality management of samples, make proteomics on paucicellular samples possible, which will have immediate impact for the proteomics community.
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DOI：
10.1016/s0021-9673(00)96972-3
发表时间：
1990-01-19
期刊：
JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY
影响因子：
--
作者：
ALPERT, AJ
通讯作者：
ALPERT, AJ
影响因子：
7.4
作者：
Chen, Wei-Hao;Lee, Sheng-Chung;Chang, Huan-Cheng
通讯作者：
Chang, Huan-Cheng
DOI：
10.1007/978-1-4939-9240-9_2
发表时间：
2019-01-01
期刊：
SINGLE CELL METHODS: SEQUENCING AND PROTEOMICS
影响因子：
--
作者：
Braga, Felipe A. Vieira;Miragaia, Ricardo J.
通讯作者：
Miragaia, Ricardo J.
影响因子：
7.4
作者：
Alpert, Andrew J.
通讯作者：
Alpert, Andrew J.
影响因子：
7.4
作者：
Amantonico, Andrea;Urban, Pawel L.;Zenobi, Renato
通讯作者：
Zenobi, Renato