Development of molecular markers tightly linked to Pvr4 gene in pepper using next-generation sequencing.
Development of molecular markers tightly linked to Pvr4 gene in pepper using next-generation sequencing.
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DOI：
10.1007/s11032-015-0294-5
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tör M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Devran Z;Kahveci E;Özkaynak E;Studholme DJ;Tör M
必须鉴定已知性状的高度多态性和紧密连锁的标记，以进行分子标记辅助选择。辣椒中的马铃薯Y病毒抗性4 (Pvr4)基因座赋予对马铃薯Y病毒和辣椒斑驳病毒的三种致病型的抗性。我们描述了使用下一代测序技术来生成与 Pvr4 紧密连锁的分子标记。最初，进行了比较基因组学，并使用番茄第十号染色体上的同线性区域来生成基于PCR的标记并绘制Pvr4图谱。随后，利用辣椒的基因组序列，在该区间内鉴定出了超过 5000 个单核苷酸变异（SNV）。此外，我们还在该区间内鉴定了核苷酸结合位点富含亮氨酸的重复型抗病基因。其中一些 SNV 被转化为大规模分子育种计划所需的分子标记。 本文的在线版本 (doi:10.1007/s11032-015-0294-5) 包含补充材料，可供授权用户使用。
It is imperative to identify highly polymorphic and tightly linked markers of a known trait for molecular marker-assisted selection. Potyvirus resistance 4 (Pvr4) locus in pepper confers resistance to three pathotypes of potato virus Y and to pepper mottle virus. We describe the use of next-generation sequencing technology to generate molecular markers tightly linked to Pvr4. Initially, comparative genomics was carried out, and a syntenic region of tomato on chromosome ten was used to generate PCR-based markers and map Pvr4. Subsequently, the genomic sequence of pepper was used, and more than 5000 single-nucleotide variants (SNVs) were identified within the interval. In addition, we identified nucleotide binding site–leucine-rich repeat-type disease resistance genes within the interval. Several of these SNVs were converted to molecular markers desirable for large-scale molecular breeding programmes. The online version of this article (doi:10.1007/s11032-015-0294-5) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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