PROSITE, a protein domain database for functional characterization and annotation.
PROSITE, a protein domain database for functional characterization and annotation.
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DOI：
10.1093/nar/gkp885
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hulo N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sigrist CJ;Cerutti L;de Castro E;Langendijk-Genevaux PS;Bulliard V;Bairoch A;Hulo N
ProSite包括描述蛋白质结构域、家族和功能部位的文档条目，以及用于识别它们的相关模式和配置文件。ProRule是一组基于特征和模式的规则，它通过提供有关功能和/或结构关键氨基酸的额外信息，增加了这些特征和模式的区分力。ProSite主要用于注释UniProtKB/Swiss-Prot条目的域特征。在瑞士Prot(2009年9月22日发布的第57.8版)中存在的983个(DNA结合)结构域、重复序列和锌指中，696个(∼70%)使用ProSite描述符注释，使用来自ProRule的信息。为了能够更好地描述结构域的功能，ProSite的发展集中在亚家族特定的轮廓和一种新的轮廓构建方法，该方法赋予功能重要残基更多的权重。在这里，我们描述了AMSA，一种用于构建新一代通用配置文件的带注释的多序列比对格式，ScanProSite向VITAL-IT的迁移，633个CPU的集群，以及采用分布式注释系统(DAS)以促进ProSite数据集成和与其他来源的交换。ProSite的最新版本(2009年9月22日发布的20.54)包含1308个模式、863个配置文件和869个ProRules。ProSite的网址是：http://www.expasy.org/prosite/.。
PROSITE consists of documentation entries describing protein domains, families and functional sites, as well as associated patterns and profiles to identify them. It is complemented by ProRule, a collection of rules based on profiles and patterns, which increases the discriminatory power of these profiles and patterns by providing additional information about functionally and/or structurally critical amino acids. PROSITE is largely used for the annotation of domain features of UniProtKB/Swiss-Prot entries. Among the 983 (DNA-binding) domains, repeats and zinc fingers present in Swiss-Prot (release 57.8 of 22 September 2009), 696 (∼70%) are annotated with PROSITE descriptors using information from ProRule. In order to allow better functional characterization of domains, PROSITE developments focus on subfamily specific profiles and a new profile building method giving more weight to functionally important residues. Here, we describe AMSA, an annotated multiple sequence alignment format used to build a new generation of generalized profiles, the migration of ScanProsite to Vital-IT, a cluster of 633 CPUs, and the adoption of the Distributed Annotation System (DAS) to facilitate PROSITE data integration and interchange with other sources. The latest version of PROSITE (release 20.54, of 22 September 2009) contains 1308 patterns, 863 profiles and 869 ProRules. PROSITE is accessible at: http://www.expasy.org/prosite/.
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影响因子：
5.8
作者：
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通讯作者：
Barton, Geoffrey J.
影响因子：
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作者：
Koua D;Cerutti L;Falquet L;Sigrist CJ;Theiler G;Hulo N;Dunand C
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影响因子：
14.9
作者：
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Sigrist CJ
影响因子：
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作者：
Dowell RD;Jokerst RM;Day A;Eddy SR;Stein L
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